Выбор языка всегда зависит от того, что вы и ваша команда знаете лучше всего и проблемы.
Это не является распространением для научных вычислений с использованием тяжелых численных методов в Ruby или PHP; никто не пишет веб-приложения в FORTRAN. Проблема, которую вы решаете, повлияет на выбор.
Ваша среда развертывания также повлияет на выбор .NET и Java EE. Если вы 100% магазин Microsoft, .NET - простой выбор. Если у вас гетерогенная среда, возможно, Java EE для вас. Если вам нравится Linux, возможно, Java EE предпочтительнее Mono.
.NET и Java EE эволюционировали для решения подобных проблем. Существует почти 1: 1 соответствие между функциями на языке, за исключением некоторых достижений, таких как закрытия, которые добавил .NET.
Это выбор меньшего зла, я полагаю, а затем дальше, лучше дьявола, которого вы знаете. –