Как установить цвета в biplot PCA-анализ в R

Question

Im очень новый для среды R и начал использовать его в файле практики. i'v создал биплот (биплот - это то, что им нужно делать) и помогите выбрать нужные мне ПК. Ив искал ответ, который мог бы быть там, но я не понимаю все аргументы, которые все еще имеют значение, и поэтому я мог бы пропустить ответ.

mat=read.csv('data.txt',sep="\t",row.name=1,check.names=F,header=T) 
mat_as_matrix<-as.matrix(mat) 
tmat=t(mat_as_matrix) 
pca_tmat=prcomp(tmat) 
biplot(pca_tmat, choices=c(3,4), col=c("blue","green")) 

Мои входные данные так:

Taxon S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7 S8 S9 S10 S11 
OTU1 45 32 34 55 32 4 12 2 1 4 15 
OTU2 1 2 3 2 1 23 32 21 26 34 23 
OTU3 1 1 2 1 3 1 2 1 2 1 1 
OTU4 12 21 23 45 31 342 342 345 333 322 150 

Я также сделал несколько attemts как следующее, чтобы удалить стрелки. я пытаюсь удалить Lables в ОТУ и превратить метки «Sn» как точки

biplot(pca_tmat$x,pca_tmat$y,type="p", var.axes = F, choices=c(3,4), col=c('blue','green')['S1','S3']) 

, но я получаю следующее сообщение об ошибке без каких-либо изменений: Ошибки в 1л: р: аргумент длиной 0

Что мне нужно сделать, так это дать каждому образцу другой цвет: Sx, Sy, Sz 1-й цвет Si, Sj 2-й цвет, Sa, Sb 3-й цвет и т. Д.

Answer 1

Я не уверен, как это сделать что с biplot, но если вы работаете с сырым выходом PCA, вы можете делать практически все, что хотите. Может быть что-то вроде:

data <- replicate(100, rnorm(100)) pca <- prcomp(data) raw <- pca$x[,1:2] plot(raw[,1], raw[,2], col=rainbow(nrow(raw)), pch=20)

... даст вам то, что вы ищете. Обратите внимание, как я извлек исходный вывод PCA, позволив мне сделать свой собственный двухстрочный график.

Это звучит немного так, как это вопрос домашней работы; если это так, то я обещаю вам, что работа с выходом prcomp даст вам лучшее представление о том, что происходит в СПС. Это будет стоить усилий: D