Мне жаль, что я не думаю, что с мая 2016 года есть простой способ - вам действительно нужна команда mdinclude
для соответствия htmlinclude.
Проблема заключается в том, что Markdown обрабатывается как шаг предварительной обработки и выход из него, а затем выполняет обычную обработку Doxygen, обнаруживая сгенерированные HTML и специальные команды.
Итак, если вы не хотите подавать заявку на Doxygen, единственный способ, которым я могу думать, это сделать вашу собственную предварительную обработку для этого конкретного.
Вы можете сделать это на этапе сборки, где вы используете некоторые команды Unix или скрипт для объединения в файл на этапе включения.
Если вы хотите, чтобы это управлялось Doxygen, вы можете использовать пользовательское расширение файла и написать свой собственный фильтр, как описано в this SO answer