Обычно вы не можете дублировать имена команд в файлах nrpe.cfg, хотя при наличии дубликатов ошибки не возникает. Раньше это случалось раньше (случайно) с очень большими конфигурациями, и nrpd всегда выбирал, чтобы использовать самую соответствующую команду LAST, которую он нашел. В моем случае, будучи единственным конфигурационным файлом, всегда было легко найти команду LAST matching в файле. Со многими включенными файлами это может быть проблемой. Я считаю, что он будет загружать эти файлы в алфавитном порядке с помощью команды include_dir, которую вы предоставили.
В любом случае, я бы поискал более уникальные имена для этих дубликатов. Например, «check_disk_db» для проверки файлов базы данных. Эти имена могут быть как раз о том, что вы хотите, чтобы они были, - но не забудьте изменить их на стороне Nagios. Использование уникальных имен команд упростит вашу жизнь как администратора Nagios.
насколько выясняется, что на самом деле используется. Вы можете включить отладку. Вывод отладки не включает в себя файл, из которого получена команда, но показывает, какие параметры были переданы, и какие именно команды выполняются с помощью команды проверки. Эта информация должна быть достаточной, чтобы увидеть, какая команда nrpe была выбрана.