R пользовательская функция в dplyr summary

Я пытаюсь использовать пользовательскую функцию в пределах dplyrsummarise. Набор данных я работаю может быть downloaded here и нацелен на использование, используя следующий код:R пользовательская функция в dplyr summary

raw_data <- read.csv("Output/FluxN2O.csv", stringsAsFactors = FALSE) 
test_data <- raw_data %>% mutate(Chamber = as.factor(Chamber), Treatment = as.factor(Treatment. Time = as.POSIXct(Time, format = "%Y-%m-%d %H:%M:%S")))

Вот head()

> head(test_data) 
      Time Chamber_closed   Slope R_Squared Chamber Treatment Flux_N2O Time_relative Time_cumulative 
1 2016-05-03 00:08:21   10.23 8.873843e-07 0.6941540  10  AN 0.7567335   0.0    0.0 
2 2016-05-03 06:10:21   12.24 -5.540907e-06 0.7728001  12   U -4.7251117   362.0   362.0 
3 2016-05-03 06:42:21   10.24 -5.260463e-06 0.9583473  10  AN -4.4859581   32.0   394.0 
4 2016-05-03 07:12:21   9.23 -5.320429e-06 0.7602987  9  IU -4.5370951   30.0   424.0 
5 2016-05-03 07:42:21   7.23 3.135043e-06 0.7012436  7   U 2.6734669   30.0   454.0 
6 2016-05-03 20:10:15   5.24 5.215290e-06 0.7508935  5  AN 4.4474364   747.9   1201.9

Для каждого уровня фактора Chamber, я хочу, чтобы вычислить площадь под кривой при х = Time_cumulative и y = Flux_n2O.

Я могу это сделать с помощью следующей функции передается в by вызова:

cum_ems_func <- function(x) {last(cumtrapz(x$Time_cumulative, x$Flux_N2O))} 
by(test_data, test_data$Chamber, cum_ems_func)

Однако я предпочел бы использовать dpylr как есть обработка дополнительных данных, чтобы сделать, который будет легче всего с помощью summarise выхода ,

Когда я пытаюсь использовать dplyr подход

test_data %>% 
group_by(Chamber) %>% 
summarise(cumulative_emmission = last(cumtrapz(Time_cumulative, Flux_N2O)))

Я получаю следующее сообщение об ошибке:

Error: Unsupported vector type language

Я также попытался с помощью определяемой пользователем функции cums_ems_func в вызове подвести итог с полученным ошибка:

test_data %>% 
group_by(Chamber) %>% 
summarise(cumulative_emmission = cum_ems_func()) 
Error: argument "x" is missing, with no default

Может ли кто-нибудь указать мне Правильное направление с этим пожалуйста?

источник

2016-07-26 Rory Shaw

Пожалуйста, добавьте 'dput (голова (test_data))' на ваш вопрос –

Последний подход должен вам передать функцию некоторые данные, но так, как вы его определили, ему понадобится целая группа data.frame, которая представлена '.'. Вы можете переопределить функцию, чтобы взять две переменные, если хотите, чтобы вы могли просто передать имена столбцов. Предыдущая версия более распространена и должна работать, насколько я могу судить. Что такое функция 'cumtrapz' и каковы ее параметры? – alistaire

@alistaire 'cumtrapz' - это функция для вычисления площади под кривой путем трапецеидальной интеграции. Это часть пакета «pracma». Я попытался использовать '.', но он дал мне то же значение для каждого уровня фактора« Камера ». У меня будет возможность изменить функцию. –

Если я правильно понимаю, то один из следующих должен сделать работу

library(pracma); library(dplyr) 


test_data <- test_data %>% group_by(Chamber) %>% 
      mutate(emission=max(cumtrapz(Time_cumulative, Flux_N2O))) %>% ungroup 

### or 

test_data <- test_data %>% group_by(Chamber) %>% 
      mutate(cumulative_emission=cumtrapz(Time_cumulative, Flux_N2O)) %>% ungroup

источник

2016-07-26 21:39:20

R пользовательская функция в dplyr summary

ответ

Смежные вопросы