Как разыменовывать HoHoA

Question

Я получил HoHoA объявлен как таковой:

Вход:

six1 XLOC_000118_0.779368:6.54933,_Change:3.07097,_p:0.0041,_q:0.384698 98.56 gi|65102|emb|X07318.1|_Xenopus_laevis_U3_snRNA 
six1 XLOC_000119_0.513953:3.88566,_Change:2.91845,_p:0.00305,_q:0.352441 97.74 gi|65102|emb|X07318.1|_Xenopus_laevis_U3_snRNA 
six1 XLOC_000120_0.20564:1.71294,_Change:3.05828,_p:0.0499,_q:0.998475 97.72 gi|65102|emb|X07318.1|_Xenopus_laevis_U3_snRNA 
six1 XLOC_000156_24.4984:46.2343,_Change:0.916274,_p:0.036,_q:0.998475 99.66 gi|475392713|dbj|AB759708.1|_Xenopus_laevis_PhyHd_mRNA_for_phytanoyl-CoA_dioxygenase_like_protein,_complete_cds 
six1 XLOC_000159_47.4513:129.702,_Change:1.45068,_p:5e-05,_q:0.025683 98.11 gi|12007283|gb|AF310008.1|_Xenopus_laevis_putative_transmembrane_protein_TA-2_mRNA,_complete_cds 
six1 XLOC_000360_4871.65:887.169,_Change:-2.45713,_p:0.01895,_q:0.932076 90.83 gi|166006832|gb|BC158454.1|_Xenopus_tropicalis_cDNA_clone_IMAGE:6991249 
six1 XLOC_000441_3.2887:14.6726,_Change:2.15754,_p:0.0176,_q:0.886907 86.96 gi|49115451|gb|BC073380.1|_Xenopus_laevis_Cysteine_and_histidine-rich_protein_1A,_mRNA_(cDNA_clone_IMAGE:5513813),_partial_cds 
six1 XLOC_000456_0.781282:1.82923,_Change:1.22732,_p:0.0448,_q:0.998475 100.00 gi|291419709|gb|GU725438.1|_Xenopus_laevis_runt-related_transcription_factor_3_(Runx3)_mRNA,_complete_cds 
eya1 XLOC_000577_4.51367:2.36674,_Change:-0.931399,_p:0.0266,_q:0.998475 89.68 gi|512838432|ref|XM_002935635.2|_PREDICTED:_Xenopus_(Silurana)_tropicalis_hyaluronoglucosaminidase_1_(hyal1),_mRNA 
eya1 XLOC_000639_1.97849:5.08116,_Change:1.36076,_p:0.02,_q:0.963795 100.00 gi|147898581|ref|NM_001094479.1|_Xenopus_laevis_histone_cluster_1,_H2aj_(hist1h2aj),_mRNA 
eya1 XLOC_000838_0.907085:2.91695,_Change:1.68515,_p:0.0012,_q:0.233803 89.61 gi|283799550|emb|FN550108.1|_Xenopus_(Silurana)_tropicalis_mRNA_for_alpha-2,3-sialyltransferase_ST3Gal_V_(st3gal5_gene) 
eya1 XLOC_000906_0.831191:2.33687,_Change:1.49132,_p:0.03045,_q:0.998475 91.02 gi|148223430|ref|NM_001092286.1|_Xenopus_laevis_HECT_and_RLD_domain_containing_E3_ubiquitin_protein_ligase_family_member_6_(herc6),_mRNA 
eya1 XLOC_000993_1.93915:3.92975,_Change:1.01901,_p:0.0271,_q:0.998475 99.85 gi|148234446|ref|NM_001095481.1|_Xenopus_laevis_GRAM_domain_containing_3_(gramd3),_mRNA 
eya1 XLOC_001130_0.15212:1.70739,_Change:3.48852,_p:0.01285,_q:0.726057 92.37 gi|112807523|emb|CU075479.1|_Xenopus_tropicalis_finished_cDNA,_clone_THdA030p05 
eya1 XLOC_001184_0.620541:3.46599,_Change:2.48167,_p:0.00655,_q:0.499758 97.95 gi|65102|emb|X07318.1|_Xenopus_laevis_U3_snRNA 
eya1 XLOC_001364_0.945792:2.66698,_Change:1.49561,_p:0.0478,_q:0.998475 99.75 gi|2598062|emb|AJ001730.1|_Xenopus_laevis_mRNA_for_Xsox17-alpha_protein 
eya1 XLOC_001624_18.5985:34.7338,_Change:0.901154,_p:0.0111,_q:0.66721 100.00 gi|147905253|ref|NM_001090340.1|_Xenopus_laevis_serum/ 

Назначают различные значения HoHoA:

while (<$fh>) { 
     chomp; 
     my $condition = $1 if ($_ =~ /(^\w+\d+)/); 
     my $xloc = $1 if ($_ =~ /(XLOC_\d+)/); 
     my $change = $1 if ($_ =~ /Change:(-?\d+\.\d+|-?inf)/); 
     my $q_value = $1 if ($_ =~ /q:(\d+\.\d+)/); 
     my @split = split('\t'); 
     my $percent_id = $split[2]; 
     my $gene = $split[3]; 
     $experiment{$gene}{$condition} = [ $xloc, $change, $q_value, $percent_id ]; 
    } 

Теперь я хочу, чтобы перебрать ключи/значения и распечатать их. Однако перед этим мне нужно сделать некоторые сравнения по значению (и, следовательно, нужно получить доступ к каждому значению для каждой комбинации хеш-ключей). Когда указанные строки прокомментированы, код ниже работает, но я не могу получить доступ к отдельным значениям. Как я могу правильно разыменовать эту структуру данных?

for my $gene (sort keys %experiment) { 
    for my $condition (sort keys %{$experiment{$gene}}) { 
     print "$gene\t$condition\t"; 
      for my $values (@{$experiment{$gene}{$condition}}) { 
#    my ($xloc, $change, $q_val, $percentage) = @$values; # How can I dereference properly here... 
#    print "[$xloc\t$change\t$q_val\t$percentage]"; #...to print out like this? 
       print "[$values]\t"; 
      } 
     print "\n"; 
    } 
} 

Эта печать (1-е мало только строки):

gi|110289870|emb|CU025180.1|_Xenopus_tropicalis_finished_cDNA,_clone_THdA035f23 six1 [XLOC_000990] [inf] [0.100767] [88.02] 
gi|112807523|emb|CU075479.1|_Xenopus_tropicalis_finished_cDNA,_clone_THdA030p05 eya1 [XLOC_001130] [3.48852] [0.726057] [92.37] 
gi|112807523|emb|CU075479.1|_Xenopus_tropicalis_finished_cDNA,_clone_THdA030p05 six1 [XLOC_001146] [4.52249] [0.999592] [92.37] 
gi|12007283|gb|AF310008.1|_Xenopus_laevis_putative_transmembrane_protein_TA-2_mRNA,_complete_cds six1 [XLOC_000159] [1.45068] [0.025683] [98.11] 
gi|147898581|ref|NM_001094479.1|_Xenopus_laevis_histone_cluster_1,_H2aj_(hist1h2aj),_mRNA eya1 [XLOC_000639] [1.36076] [0.963795] [100.00]  
gi|147903202|ref|NM_001097651.1|_Xenopus_laevis_forkhead_box_I4,_gene_1_(foxi4.1),_mRNA six1 [XLOC_000837] [1.16613] [0.532793] [99.89] 

Answer 1

Третий for цикл не является необходимым.

for my $gene (sort keys %experiment) { 
    for my $condition (sort keys %{$experiment{$gene}}) { 

     print "$gene\t$condition\t"; 
     my ($xloc, $change, $q_val, $percentage) = @{$experiment{$gene}{$condition}}; 
     ... 
     print "\n"; 
    } 
} 

Answer 2

Вы уже разыменовываются свой в ссылку на массив линии

for my $values (@{$experiment{$gene}{$condition}}) 

Вместо внутреннего цикла, я подозреваю, что вы действительно хотите

my ($xloc, $change, $q_val, $percentage) = @{$experiment{$gene}{$condition}}; 

Answer 3

$experiment{$gene}{$condition} является ссылкой на массив. Поэтому вы можете просто использовать следующее, чтобы разыменовать его. Третий вложенный цикл не требуется, если вы не хотите перебирать элементы этого массива.

my ($xloc, $change, $q_val, $percentage) = @{$experiment{$gene}{$condition}};