Почти все запросы стали медленными

Question

Так что этот меня озадачивает. 2 дня назад почти все запросы на нашем сервере стали медленными. Журнал медленных запросов практически изменяется каждый раз, когда страница обслуживается.

Что меня озадачивает, так это то, что у нас нет особо большой таблицы, только 15 000 или около того записей, а индексы (насколько мне известно) не являются проблемой. Также выполнение тех же запросов в PHPMYADMIN выполняется практически в нулевое время.

Пользователи таблицы имеют идентификаторы, имя, страну, идентификатор, crmstatus, modified_time, last_comment и звонки.

Сервер имеет 8 ядер и 16 ГБ оперативной памяти.

Вот наш my.cnf:

[mysqld] 
skip-name-resolve 
innodb_file_per_table=1 
innodb_buffer_pool_size=134217728 
max_allowed_packet=268435456 
open_files_limit = 1024000 
query_cache_type = 1 
innodb_buffer_pool_instances = 3 
slow-query-log = 1 
long_query_time = 0.5 
query_cache_size=1G 
join_buffer_size=16M 
tmp_table_size=512M 
max_heap_table_size=1G 
thread_cache_size=8 
table_open_cache=4096 
innodb_buffer_pool_size=3G 
key_buffer_size=256M 
query_cache_limit=512M 
tmp_table_size=512M 
slow-query-log = 1 
slow-query-log-file = /var/log/mysql/mysql-slow.log 
log_error = /var/log/mysqlerror.log 
default-storage-engine=MyISAM 
bind-address   = 127.0.0.1 

И вот последние несколько медленных запросов, которые на самом деле не должно быть.

# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 1.352077 Lock_time: 0.000062 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820458; 
update `users` set `modified_time` = '2016-06-13 12:20:57', `last_comment` = '2016-06-13 12:20:57' where `id` = '50045170'; 
# Time: 160613 14:21:28 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 1.613013 Lock_time: 0.000041 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820488; 
update users set calls = calls+1, modified_time="2016-06-13 12:21:26" where id = '50045127'; 
# Time: 160613 14:21:47 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 9.126265 Lock_time: 0.000055 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820507; 
update `users` set `modified_time` = '2016-06-13 12:21:38', `last_comment` = '2016-06-13 12:21:38' where `id` = '50037097'; 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 9.051441 Lock_time: 0.000053 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820507; 
update users set calls = calls+1, modified_time="2016-06-13 12:21:38" where id = '50045104'; 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 6.198130 Lock_time: 0.000042 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820507; 
update `users` set `modified_time` = '2016-06-13 12:21:41', `last_comment` = '2016-06-13 12:21:41' where `id` = '50015310'; 
# Time: 160613 14:22:03 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 1.770877 Lock_time: 0.000074 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820523; 
update users set calls = calls+1, modified_time="2016-06-13 12:22:01" where id = '50045235'; 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 0.564553 Lock_time: 0.000043 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820523; 
update users set calls = calls+1, modified_time="2016-06-13 12:22:02" where id = '50045126'; 
# Time: 160613 14:22:29 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 11.289152 Lock_time: 0.000064 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820549; 
update users set calls = calls+1, modified_time="2016-06-13 12:22:18" where id = '50045232'; 
# User@Host: REMOVED[REMOVED] @ localhost [] 
# Query_time: 11.016395 Lock_time: 0.000085 Rows_sent: 0 Rows_examined: 1 
SET timestamp=1465820549; 
update `users` set `crmstatus` = 'Decline', `modified_time` = '2016-06-13 12:22:18' where `id` = '50045055'; 

Answer 1

Ouch!

innodb_buffer_pool_size=134217728 -- (should remove) 
innodb_buffer_pool_size=3G 
query_cache_type = 1 -- usually a waste on production servers 
query_cache_size=1G  -- TERRIBLE! Don't go over about 50M 
tmp_table_size=512M  -- Dangerously high - suggest 100M 
max_heap_table_size=1G -- Dangerously high - suggest 100M 
key_buffer_size=256M 
tmp_table_size=512M -- redundant 
log_error = /var/log/mysqlerror.log -- typo? 
default-storage-engine=MyISAM -- InnoDB is preferred 

Просьба SHOW CREATE TABLE users - нужно видеть двигатель и индекс (ы).

Какую версию MySQL вы используете?