У меня квадратная матрица 75 x 75. Все значения в нем, кроме меток, являются десятичными. Я хочу получить все пары меток, имеющих значения выше или ниже установленного мною среза. Скажем, у меня есть следующиеСортировка квадратной матрицы
A B C D
A 1 0.2 0.43 0.16
B 0.2 1 0.86 0.28
C 0.43 0.86 1 0.76
D 0.16 0.28 0.76 1
Я хочу
B C 0.86
C D 0.76
A C 0.43
Как я могу это сделать (без получения дубликатов)?
Благодаря
Сначала вам нужно преобразовать в представление с одной строкой для каждого значения; одним из способов сделать это является преобразование в матрицу, а затем в data.frame. Чтобы избежать дублирования, установите нижний треугольник (возможно, включая диагональ) в NA перед преобразованием в кадр данных, а затем возьмите подмножество фрейма данных, где значения не являются NA.
mtx <- matrix(rnorm(16), 4, 4, dimnames = list(LETTERS[1:4], LETTERS[1:4]))
mtx[lower.tri(mtx, diag=TRUE)] <- NA
dx <- as.data.frame(as.table(mtx))
dx <- subset(dx, !is.na(Freq))
Затем вы можете взять подмножество по желанию из результирующего фрейма данных.
> subset(dx, Freq>0)
Var1 Var2 Freq
5 A B 1.9564158
9 A C 1.7188939
14 B D 0.1848542
Один из способов заключается в использовании melt Fn из reshape пакета (ОБНОВЛЕНО во избежание дублирования в симметричных матриц, и сортировки конечного результата).
> mtx <- matrix(round(10*rnorm(16)),
4, 4, dimnames = list(LETTERS[1:4], LETTERS[1:4]))
> mtx[ upper.tri(mtx)] <- NA
> mtx
A B C D
A -7 NA NA NA
B 23 17 NA NA
C 6 -2 20 NA
D -23 8 15 -6
> require(reshape)
> df <- cbind(data.frame(Row = rownames(mtx)), as.data.frame(mtx))
> df.m <- melt(df, id = 'Row', variable_name = 'Col')
> df.m
Row Col value
1 A A -7
2 B A 23
3 C A 6
4 D A -23
5 A B NA
6 B B 17
7 C B -2
8 D B 8
9 A C NA
10 B C NA
11 C C 20
12 D C 15
13 A D NA
14 B D NA
15 C D NA
16 D D -6
> filt <- subset(df.m, value < 0)
> filt[order(filt$value),]
Row Col value
4 D A -23
1 A A -7
16 D D -6
7 C B -2
Конечно, вы можете отформатировать результат любым способом, например.
> cat(with(filt, paste(Row, Col, value, '\n')))
A A -7
D A -23
C B -2
D D -6
Это не избавит вас от дубликатов (если мы имеем дело с симметричным, как пример из OP). Как это сделать, остается как упражнение. :) –
Большое спасибо. Но как удалить дубликаты. Например, «A-B» и «B-A». Также как я сортирую это подмножество, в порядке убывания, поддерживая пару Row Col? – y2p
PLS см. Мое обновление –
library(fBasics)
Z <- Triang(X)
data.frame(t(apply(which(Z >= 0.43 & Z < 1 ,arr.ind = T),1,
function(y) c(rownames(Z)[y[1]],colnames(Z)[y[2]],Z[y[1],y[2]]))))
дает
X1 X2 X3
A A C 0.43
B B C 0.86
C C D 0.76
С матрицей и отсечение
m <- matrix(rnorm(16), 4, 4, dimnames = list(LETTERS[1:4], LETTERS[1:4]))
cut <- 0
индекс значения, удовлетворяющие указанным критериям и использовать, чтобы извлечь нужные значения и имена строк. Сортировка после факта
i <- lower.tri(m, diag=TRUE) * m > cut
df <- data.frame(Row=rownames(m)[row(m)[i]], Col=colnames(m)[col(m)[i]],
Val=m[i])
df[order(df$Val),]
Вас интересует сортировка или обрезка? – Aaron