Программирование на Python

Question

Мое задание попросить сделать вызов функции readFasta, который принимает один аргумент: имя файла fasta format (fn), содержащего одну или несколько последовательностей. Функция должна читать файл и возвращать словарь, где ключи являются заголовками fasta, а значения представляют собой соответствующие последовательности из файла fn, преобразованного в строки. Убедитесь, что вы не включаете никаких новых строк или других символов пробела в последовательности в словаре.

Для экс, если afile.fa выглядит так:

>one 
atctac 
>two 
gggaccttgg 
>three 
gacattac 

то a.readFasta (е) возвращает:

[‘one’ : ‘atctac’, 
‘two’ : ‘gggaccttgg’, 
‘three’: ‘gacattac’] 

Если попытался написать некоторые коды, но, как я полностью новичок в программировании, это не очень помогло мне. Могут ли все помочь мне. Огромное спасибо. Вот мои коды:

import gzip 

def readFasta(fn): 
    if fn.endswith('.gz'): 
     fh = gzip.gzipfile(fn) 
    else: 
     fh = open(fn,'r') 

    d = {} 

    while 1: 
     line = fh.readline() 

     if not line: 
      fh.close() 
      break 

     vals = line.rstrip().split('\t') 
     number = vals[0] 
     sequence = vals[1] 

     if d.has_key(number): 
      lst = d[number] 

      if gene not in lst: 
       # this test may not be necessary 
       lst.append(sequence) 
     else: 
      d[number] = [sequence] 

    return d 

Вот что я получил в моем AFile.txt

one atctac

two gggaccttgg

three gacattac

Answer 1

ваш пост немного сбивает с толку. Я предполагаю, что вы хотите, чтобы он вернул диктофон. в этом случае вы должны написать его как {'one': 'actg', 'two': 'aaccttgg' }. если вы правильно представили формат файла, то эта функция должна сделать трюк.

import gzip 

def read_fasta(filename): 
    with gzip.open(filename) as f: 
     return dict(line.split() for line in f)