В php-методах растут в размере, также как и необходимое количество параметров.Документация по автоматическому обновлению php в PhpStorm
Возможно ли, чтобы PhpStorm автоматически обновлял ранее сгенерированный PHPDoc выше указанных методов, вместо того, чтобы вручную записывать дополнения/вычитания ...?
Нет - автоматические обновления без согласия пользователя. Но вы можете поместить курсор в такой комментарий PHPDoc (или, лучше, по дополнительным параметрам), нажмите «Alt + Enter» (или с помощью значка лампочки) и выберите подходящий метод быстрого исправления. Это будет работать, если соответствующая проверка включена в настройках PhpStorm ('Editor | Inspections' - поиск раздела PHPDoc) – LazyOne