Копирование файлов из текстового списка

Question

У меня есть список имен образцов в текстовом формате, например.

Sample1 
Sample2 
etc.... 

Im пытается найти и скопировать файлы с этими именами и определенным расширением, используя ниже одного лайнера

find ./ | egrep fq.gz | fgrep -f list.txt | perl -ne 'chomp; system "cp $_ /data/copy_of_files/"' 

Никаких ошибок не вырвали, но ничего не копируются.

Эта линия работает, пока я не передавать вывод на Perl (список правильных файлов отпечатков в termial от fgrep), так что я думаю, что моя проблема с разделом PERL ...

какие-либо предложения?

Answer 1

И ваша исходная команда и эта команда работает для меня:

find . -name '*.gz' | fgrep -f list.txt | \ 
    perl -ne 'chomp; system("cp $_ <DIR>");' 

Подтвердили ли вы, что ваш пользователь или группа имеют права на запись в /data/copy_of_files?

Answer 2

Предложения:

1. Не использовать Perl здесь, но вместо этого, создать конвейер, который просто плюет из самых cp команд. Как только вы удовлетворитесь тем, что вы видите , добавьте | sh -x.
2. Будьте абсолютно уверены, что ни одно из ваших имен файлов не содержит пробелов или других символов, специальных для оболочки. Если некоторые из них выполняются, но только немного (например, только пробелы), вы можете получить соответствующие цитаты в командах cp, но если что-то возможно в именах файлов, потребуется другой подход, и я, вероятно, напишу все это в Perl с использованием File::Find::Rule.