Найти элементы в одном векторе и заменить их эквивалентами в другом векторе в R

Question

У меня есть 3 столбца имен (соответствующих разным диатомовым видам). Первый столбец - это текущее имя моего вида, второй столбец - это «старый» (т. Е. Не используется) название вида, а третий - «новое» (т. Е. После таксономического обновления) название вида.

Для каждого значения в первом столбце мне нужно найти его во втором столбце, и если он найден, мне нужно заменить его обновленным именем (сохраненным в третьем столбце). Так, например, учитывая эту матрицу:

Column 1     Column 2    Column 3 
Achnanthes.atomus   Amphora.coffeaeformis Halamphora.coffeaeformis 
Achnanthes.biasolettiana Achnanthes.atomus  Achnanthidium.atomus 

Achnanthes.atomus найдено в колонке 1 (первая строка), должны быть идентифицированы в колонке 2 (второй строки) и заменить его новым именем «» Achnanthidium.atomus (колонка 2, второй ряд).

Моя матрица называется Diatosdef. Если я сделаю это, он работает:

colnames(Diatosdef) <- gsub("Achnanthes.atomus","Achnanthidium.atomus",colnames(Diatosdef)) 

Но мне нужно сделать это видовое по видам, и у меня есть почти 100 видов

Может кто-нибудь пожалуйста помочь мне?

Спасибо!

PS: Я обнаружил, что я могу сделать это в Excel с помощью функции ВПР, но я до сих пор ищет способ сделать это в R

Answer 1

вы можете попробовать это:

for(i in matrix[:1]){ 
    if(matrix[i:1] == matrix[i:2]) 
    matrix[i:1] = matrix[i:3] 
} 

может быть синтаксис неверен.

Answer 2

fun <- function(x, mat){ 
    if(x %in% mat[,2]) mat[which(mat[,2]==x), 3] 
    else x 
} 

Diatosdef[,1] <- sapply(Diatosdef[,1], fun, mat = Diatosdef)