Исходя из предположения, что ваша директива DocumentRoot используется synonomously с VirtualHost, можно разделить конфигурацию VirtualHosts на отдельные конф файлы, разместить их по отдельности в их корни документов, а затем включить их в каталог с широким включением директивы в общий, серверный conf. Ниже для примера:
Создать конф в следующей директории:
/etc/apache/sites-enabled/sites.conf
добавить следующее
Include /data/www/sites/
Это будет включать в себя любой файл конф в каталоге выше и любой подкаталог
Для ведущего со следующими документами:
/data/www/sites/website-one
Создать конф файл VirtualHost и поместить его в каталоге выше, например:
/data/www/sites/website-one/website-one.conf
И ваш файл конф будет содержать все информация о VirtualHost включая DocumentRoot например
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /data/www/sites/website-one
ServerName www.website-one.com
# Other directives here
</VirtualHost>
Если DocumentRoot не существует, то файл конф не загружался и директива DocumentRoot никогда не выполняется. По соображениям безопасности будьте осторожны, чтобы ваши файлы conf не становились разборчивыми. Вероятно, это должно быть отключено на уровне сервера, но это то, о чем нужно знать. Наконец, приведенный выше шаблон означает, что любые плохие файлы conf в каталоге и подкаталогах /data/www/sites
приведут к тому, что сервер не запустится.