Вычисление длины последовательностей из файла .PBS

Question

Я новичок здесь. Я ищу помощь в задаче типа биоинформатики, которое у меня есть. Задача состояла в том, чтобы вычислить общую длину всех последовательностей в файле .pbs.

файл при открытии, отображает что-то вроде:

Длина составляет 102

Длина составляет 1100

Длина составляет 101

Длина 111200

Длина составляет 102

I se e, что длина указана как список, с буквами и цифрами. Мне нужна помощь, чтобы выяснить, какой код питона писать, чтобы добавить все длины вместе. Не все суммы одинаковы.

Пока мой код:

f = open('lengthofsequence2.pbs.o8767272','r') 

lines = f.readlines() 

f.close() 

def lengthofsequencesinpbsfile(i): 

    for x in i: 

     if 

      return x += 

print lengthofsequencesinpbsfile(lines) 

Я не уверен, что делать с циклом. Я хочу просто пересчитать цифры после заявления «Длина ...»

Спасибо!

Answer 1

"The Length is " имеет 14 символов, так line[14:] даст вам подстроку, соответствующую номеру вы после (начиная после 14-го символа), то вы просто должны преобразовать его в int с int(line[14:]) перед добавлением к общей сумме: total += int(line[14:])

Answer 2

1. Вам необходимо проанализировать свои данные, чтобы получить данные, с которыми вы хотите работать.
   a. x.replace ('Length is', '') - это удаляет ненужный текст.
   b. int (x.replace ('The Length is', '')) - преобразовать цифровые символы в
   целое число
   
2. Добавить в общую сумму: total + = int (x.replace ('The is is length is', ' '))
   

Все это доступно с помощью Google. Я искал функции строки python и функции преобразования типов. Я только кратко посмотрел на python и никогда не программировал его, но я думаю, что эти два элемента должны помочь вам делать то, что вы хотите сделать.