Ошибка проверки подлинности компьютера OpenMPI

Question

Благодарим вас за чтение моего сообщения. Я только начал использовать openMPI. Я установил openmpi 1.6.5 на свой mac (OSX 10.5.8) и на мой Linux (монетный двор 14). Оба компьютера могут компилировать и запускать очень простые программы, такие как Hello World, или отправлять целые числа из одного процесса в другой. Однако всякий раз, когда я пытаюсь отправить массив с использованием MPI_Bcast() или MPI_send(), он выдает ошибку ошибки сегментации.

#include <iostream> 
#include <stdlib.h> 
#include <mpi.h> 
using namespace std; 

int main(int argc,char** argv) 
{ 
    int np,nid; 
    float *a; 

    MPI_Init(&argc,&argv); 
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&np); 
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&nid); 

    if (nid == 0) 
    { 
     a = (float*) calloc(9,sizeof(float)); 
     for (int i = 0; i < 9; i++) 
     { 
      a[i] = i; 
     } 
    } 

    MPI_Bcast(a,9,MPI_FLOAT,0,MPI_COMM_WORLD); 

    MPI_Finalize(); 
    return 0; 
}  

Вот сообщение об ошибке:

[rsove-M11BB:02854] *** Process received signal *** 
[rsove-M11BB:02854] Signal: Segmentation fault (11) 
[rsove-M11BB:02854] Signal code: Address not mapped (1) 
[rsove-M11BB:02854] Failing at address: (nil) 
[rsove-M11BB:02855] *** Process received signal *** 
[rsove-M11BB:02855] Signal: Segmentation fault (11) 
[rsove-M11BB:02855] Signal code: Address not mapped (1) 
[rsove-M11BB:02855] Failing at address: (nil) 
[rsove-M11BB:02854] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x364a0) [0x7fddf08f64a0] 
[rsove-M11BB:02854] [ 1] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x142953) [0x7fddf0a02953] 
[rsove-M11BB:02854] [ 2] /usr/local/openmpi /lib/libmpi.so.1(opal_convertor_unpack+0x105) [0x7fddf12a0b35] 
[rsove-M11BB:02854] [ 3] /usr/local/openmpi/lib/openmpi /mca_pml_ob1.so(mca_pml_ob1_recv_frag_callback_match+0x415) [0x7fddece38ee5] 
[rsove-M11BB:02854] [ 4] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_btl_sm.so(mca_btl_sm_component_progress+0x23d) [0x7fddec61477d] 
[rsove-M11BB:02854] [ 5] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(opal_progress+0x5a)  [0x7fddf12ac2ea] 
[rsove-M11BB:02854] [ 6] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(ompi_request_default_wait+0x11d) [0x7fddf11fce2d] 
[rsove-M11BB:02854] [ 7] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_bcast_intra_generic+0x4d6) [0x7fddeb73e346] 
[rsove-M11BB:02854] [ 8] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_bcast_intra_binomial+0xcb) [0x7fddeb73e85b] 
[rsove-M11BB:02854] [ 9] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_bcast_intra_dec_fixed+0xcc) [0x7fddeb735b5c] 
[rsove-M11BB:02854] [10] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_sync.so(mca_coll_sync_bcast+0x79) [0x7fddeb951799] 
[rsove-M11BB:02854] [11] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(MPI_Bcast+0x148) [0x7fddf12094d8] 
[rsove-M11BB:02854] [12] Test(main+0xb4) [0x408f90] 
[rsove-M11BB:02854] [13] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xed) [0x7fddf08e176d] 
[rsove-M11BB:02854] [14] Test() [0x408df9] 
[rsove-M11BB:02854] *** End of error message *** 
[rsove-M11BB:02855] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x364a0) [0x7fa4c67be4a0] 
[rsove-M11BB:02855] [ 1] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x142953) [0x7fa4c68ca953] 
[rsove-M11BB:02855] [ 2] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(opal_convertor_unpack+0x105) [0x7fa4c7168b35] 
[rsove-M11BB:02855] [ 3] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_pml_ob1.so(mca_pml_ob1_recv_frag_callback_match+0x415) [0x7fa4c2d00ee5] 
[rsove-M11BB:02855] [ 4] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_btl_sm.so(mca_btl_sm_component_progress+0x23d) [0x7fa4c24dc77d] 
[rsove-M11BB:02855] [ 5] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(opal_progress+0x5a) [0x7fa4c71742ea] 
[rsove-M11BB:02855] [ 6] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(ompi_request_default_wait+0x11d) [0x7fa4c70c4e2d] 
[rsove-M11BB:02855] [ 7] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_bcast_intra_generic+0x59c) [0x7fa4c160640c] 
[rsove-M11BB:02855] [ 8] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_bcast_intra_binomial+0xcb) [0x7fa4c160685b] 
[rsove-M11BB:02855] [ 9] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so(ompi_coll_tuned_bcast_intra_dec_fixed+0xcc) [0x7fa4c15fdb5c] 
[rsove-M11BB:02855] [10] /usr/local/openmpi/lib/openmpi/mca_coll_sync.so(mca_coll_sync_bcast+0x79) [0x7fa4c1819799] 
[rsove-M11BB:02855] [11] /usr/local/openmpi/lib/libmpi.so.1(MPI_Bcast+0x148) [0x7fa4c70d14d8] 
[rsove-M11BB:02855] [12] Test(main+0xb4) [0x408f90] 
[rsove-M11BB:02855] [13] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xed) [0x7fa4c67a976d] 
[rsove-M11BB:02855] [14] Test() [0x408df9] 
[rsove-M11BB:02855] *** End of error message *** 
-------------------------------------------------------------------------- 
mpirun noticed that process rank 1 with PID 2854 on node rsove-M11BB exited on signal  11 (Segmentation fault). 
-------------------------------------------------------------------------- 

Самое странное в том, что когда я запускаю тот же код на моем компьютере друзей он компилирует и работает без проблем.

Заранее за вашу помощь.

Answer 1

Вы делаете очень типичную ошибку. Операция MPI_Bcast требует, чтобы уже выделенный массив передавался как первый аргумент как в корне, так и во всех других рангах. Следовательно, код должен быть изменен, например. например:

// Allocate the array everywhere 
a = (float*) calloc(9,sizeof(float)); 
// Initialise the array at rank 0 only 
if (nid == 0) 
{ 
    for (int i = 0; i < 9; i++) 
    { 
     a[i] = i; 
    } 
}