Венн Диаграммы с R?

Question

Другие пакеты для выполнения диаграмм Венна в R, кроме пакета limma.

У кого-нибудь есть советы?

Вот некоторые notes on doing Venn diagrams с пакетами limma.

Answer 1

Duncan Murdoch has a venn package, который не находится на CRAN. (hat tip to Gabor Grothendieck)

Вы также можете прочитать об этом in the "Journal of Statistical Software".

Answer 2

Функция venn в пакете gplots также полезна, если вам нужно создать диаграмму Венна из 4/5 наборов.

Answer 3

Я использую две пользовательские функции, которые подходят к трюку. Моя реализация venndia отображает диаграмму venn и возвращает списки перекрытий между A и B (и C). См. Код ниже.

С их помощью вы можете

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE) 

, который будет как участок и вернуть данные. вы можете отключить возврат данных, выполнив

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20]) 

Поскольку getdata FALSE по умолчанию. /Daniel

circle <- function(x, y, r, ...) { 
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100) 
    xx <- x + r * cos(ang) 
    yy <- y + r * sin(ang) 
    polygon(xx, yy, ...) 
} 

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){ 
    cMissing <- missing(C) 
    if(cMissing){ C <- c() } 

    unionAB <- union(A, B) 
    unionAC <- union(A, C) 
    unionBC <- union(B, C) 
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC) 
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC) 
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB) 
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C) 
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B) 
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A) 
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C)) 

    nA <- length(uniqueA) 
    nB <- length(uniqueB) 
    nC <- length(uniqueC) 

    nAB <- length(intersAB) 
    nAC <- length(intersAC) 
    nBC <- length(intersBC) 

    nABC <- length(intersABC) 

    par(mar=c(2, 2, 0, 0)) 
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...) 
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA) 
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA) 
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA) 

    text(x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90") 

    text(
     x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
     y=c(7, 7, 2 , 7 , 4, 4, 5), 
     c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
     cex=2 
    ) 

    if(getdata){ 
     list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
      AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
      ABC=intersABC 
     ) 
    } 
} 

Answer 4

Существует Vennerable package on R-forge.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable")) 
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") 

Answer 5

Это приходит очень поздно, но это могло бы полезным для других, которые ищут ответ: VennDiagram, на CRAN here.

Он позволяет несколько наборов (четыре набора для venn, 3 набора для диаграмм Эйлера), настраиваемые цвета и шрифты, простой синтаксис и, самое главное, размер кругов, пропорциональный размеру наборов данных (по крайней мере, при сравнении 2 наборов данных). Для того, чтобы установить:

install.packages("VennDiagram") 
library(VennDiagram) 

Для тех, кто использует Bioconductor пакеты и работу с геномными координатами, в последнее время была в Диаграмме Венна пакет ChIPpeakAnno (версии 2.5.12) implemented и позволяет довольно пересечения геномных координат, например, чип-SEQ пики. Для ранних пользователей вам может потребоваться установить development package.

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704), 
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")), 
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f")) 

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260), 
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470), 
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")), 
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a")) 

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"), 
    totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram", 
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"), 
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4")) 

Answer 6

Вот ссылка на другую версию для 3-переменных данных: http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/

код также доступен в пакете colorfulVennPlot: http://cran.r-project.org/web/packages/colorfulVennPlot/index.html

Answer 7

Список пакетов Диаграммы Венно:

• bvenn

• colorfulVennPlot

• eVenn
• VennDiagram
• Venneuler
• Vennerable: R-Forge, GitHub
• eulerr

Answer 8

Я бы рекомендовал пакет Диаграмма Венна: http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

На выпечке 19 вы найдете 10 паков очень хороших примеров (как продвинутых, так и упрощенных). На данный момент я не нашел ничего, что не может сделать, что мне нужно.