Здесь есть некоторые очень запутанные вещи.
Вы создали версию с использованием Xcode 6.4, разработанной для iOS 8. Когда пользователь обновляет свой телефон до iOS 9, хотя они уже загрузили ваше приложение, приложение должно работать без изменений.
В вашем приложении есть некоторая ошибка, которая мешает ей нормально работать на iOS 9. Ошибки бывают. Чтобы исправить это, вы получаете телефон под управлением iOS 9, а затем используете его для тестирования своего приложения, созданного с помощью Xcode 6.4, все еще разработанного для iOS 8. Вы узнаете, в чем проблема, и исправьте его. Вы знаете, нормальный процесс для разработчиков: вы найдете ошибки, вы их исправляете.
Я рекомендую вам послушать, что сказал maddy, и не обновлять до Xcode 7 прямо сейчас. Используйте Xcode 6.4, чтобы внести минимальные изменения, чтобы заставить ваше приложение работать, и как только это будет принято в магазине приложений, вы загрузите Xcode 7 и обновите приложение.
Это поможет, если вы скажете, что _exactly_ вы подразумеваете под «не работает должным образом». – gnasher729