Чтобы защитить данные пользователя от других пользователей используют Data Protection API и C# имеет простой в использовании классов для облегчения ее использования: ProtectedData, и есть примеры на MSDN, как записывать данные protecetd в файл, см How to: Use Data Protection.
Если вы спрашиваете, как защитить данные, чтобы сам пользователь программы не мог его расшифровать, то есть невозможно, и все претензии противного - это масло змеи. Вы можете сделать это hard, чтобы расшифровать, но вы никогда не сделаете это невозможным. Если вы не можете отправить данные пользователю, сохраните его на сервере и внесите все взаимодействия с данными через удаленный API (сокеты, REST, очередь, что угодно).
Вы спрашиваете, как вы можете сохранить данные и убедиться, что с ними никто не сталкивается? – Larsenal
Larsenal> Да, я написал об этом – user319854