Формула R: как ограничить вычисления двумя группами, используя формулу?

Question

Я хочу построить ретроспективном тестирование для лог-рангового, что сравнение отдельных групп друг с другом:

library(survival) 
survdiff(DV ~ IV, data=mydf) 

Есть ли способ сделать что-то вроде этого (например, сравнивать группы 2 с группой 7) :

survdiff(DV ~ I(if(as.numeric(IV) == 2) {1} else {if(as.numeric(IV) == 7) {2} else {NA}}), data=mydf) 

---

Я знаю, что я могу отфильтровать не нужные строки из mydf и Surv объекта DV

df2vs7<-mydf[as.numeric(mydf$IV)==2 | as.numeric(mydf$IV)==7,] 
DV2vs7<-DV[as.numeric(mydf$IV)==2 | as.numeric(mydf$IV)==7,] 

Но я думаю, что это очень неэффективно; компьютер должен будет хранить каждый отдельный объект данных для каждой комбинации сравниваемых групп.

Answer 1

Что-то вроде этого?

survdiff(DV ~ IV, data=mydf[ as.numeric(mydf$IV) %in% c(2,7),])

Answer 2

Используйте subset аргумент survdiff внутри (вложенного) цикла. Возможно, вам придется настроить петли, чтобы избежать ошибок, но вы получите эту идею.

l <- list() 
n <- <no. of groups> 
mydf$IV <- as.numeric(mydf$IV) 
for(i in seq_len(n - 1)) 
{ 
    for(j in seq(i + 1, to=n, by=1)) 
    { 
     l <- c(l, survdiff(DV ~ factor(IV), mydf, subset=IV %in% c(i, j))) 
    } 
} 

Answer 3

ОК, это решение пасты копия &. Предположу, что мы имеем df в dataframe объект, где мы имеем IV категориальных переменные с length(levels(df$IV)) уровней, а DF объекта типа Surv, и мы хотим, чтобы выполнить попарные лог-ранговые между каждой парой групп

library(gregmisc) 
levels<-sort(unique(as.numeric((mydf$IV)))) 
groups<-combinations(length(levels),2,levels) 
#or if we assume that levels produced by as.numeric(mydf$IV) are in sequence 1:n, we can use more efficient: 
#groups<-combinations(length(levels(df$IV)),2) 
library(plyr) 
alply(groups, 1, 
    function(pair) { 
     survdiff(DV ~ factor(IV), mydf, subset=IV %in% c(pair[[1]], pair[[2]])) 
    } 
) 

Последним выражением возвращает результаты