Использование R читать GSE таблицу

я скачал дополнительные файлы, выполнив эту команду в R,Использование R читать GSE таблицу

filePaths = getGEOSuppFiles("GSE60341")

Это создает два файла,

1) GSE60341_nanostring_processed_data.txt; и

2) GSE60341_RAW

Как я могу сделать R чтения GSE60341_nanostring_processed_data.txt как значимого кадра данных?

Заранее спасибо.

источник

2015-01-27 Curious

хорошо, вы пробовали 'read.table'? – cel

Как правило, пакет geoQuery позволяет получать как необработанные значения из набора массивов/выражений, так и обработанных данных (что означает, однако, что обращение GEO говорит, что оно было обработано). Вы можете просто прочитать обработанные значения, как говорит @cel. – jraab

read.table, вероятно, лучший вариант, и будет даже читать в * .gz файле:

temp <- read.table("GSE60341/GSE60341_nanostring_processed_data.txt.gz") 
> dim(temp) 
[1] 251 1950

Существует большое GEOquery учебник here

источник

2015-01-27 18:01:04 Stedy

Приобретено, потому что вы почти получили 3k. Дешевый, хотя :) – cel

да, я согласен, спасибо – Stedy

Упрощенный, потому что ваш ответ мне помог :). – Curious

Использование R читать GSE таблицу

ответ

Смежные вопросы