2016-07-18 4 views
22

Я работаю над сервером CentOS версии 6.8 (Final) без доступа sudo. Я скомпилировал PostgreSQL v9.6 beta 2.PostgreSQL Ошибка: column am.amcanorder не существует

Когда я загружаю данные с помощью муравья, я получаю Столбец am.amcanorder не существует ошибка, которую я не знаю, как исправить.

Я следую учебному пособию по установке системы промежуточного хранилища данных, и я нахожусь на this step.


ant -Dsource=uniprot-malaria -v 

Это займет несколько минут, команда запускает следующих действий:

  • Проверяет, что источник с именем UniProt-малярией существует в project.xml
  • Читает XML-файлы UniProt по адресу, указанному src.data.dir
  • Вызывает парсер, включенный в источник uniprot, со списком , это считывает исходный XML-код и создает элементы, которые представляют представления метаданных объектов, которые будут загружены в базу данных malariamine .
  • Эти элементы хранятся в базе данных промежуточных элементов. Считывает из базы данных , преобразует объекты в объекты и загружает их в базу данных malariamine.

Выделенная часть того, что (на мой взгляд) вызывает ошибку. Соответствующая ошибка многословным является:

org.postgresql.util.PSQLException: ERROR: column am.amcanorder does not exist 
    Position: 407 
     at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.receiveErrorResponse(QueryExecutorImpl.java:2161) 
     at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.processResults(QueryExecutorImpl.java:1890) 
     at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.execute(QueryExecutorImpl.java:255) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.execute(AbstractJdbc2Statement.java:559) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeWithFlags(AbstractJdbc2Statement.java:403) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeQuery(AbstractJdbc2Statement.java:283) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2DatabaseMetaData.getIndexInfo(AbstractJdbc2DatabaseMetaData.java:4234) 
     at org.intermine.task.CreateIndexesTask.execute(CreateIndexesTask.java:212) 
     at org.apache.tools.ant.UnknownElement.execute(UnknownElement.java:288) 
+0

@ErwinBrandstetter обновляется, хотя я думаю, что проблема с самим PostgreSQL, а не код, который я бегу ... – player87

+1

Это сообщение об ошибке Postgres точно. Столбец 'amcanorder' не найден в таблице' am'. Однако я не понимаю, почему. –

+0

Да, я не мог найти никакой реальной информации, по крайней мере, не то, что понимаю. Ответит на мой вопрос, если я каким-то образом пройду эту ошибку. – player87

ответ

11

Ну проблема была решена путем составления v9.5.3, последняя стабильная версия на данный момент. Раньше я использовал v9.6beta2 ..., который имеет reported error при работе с JDBC & v9.6beta2.

36

Player87 правильно, это работает только путем замены новой версии 9.6 * с 9.5. * Из PostgresSQLсервер.
Но есть еще одно решение. Для проекта Java я также попробовал оставить PostgresSQLсервер на 9.6. * И обновил драйвер PostgresSQL с версии 9.4-1203 до новейшей версии 9.4-1211. В Maven pom.xml файл:

<postgresql.version>9.4.1211</postgresql.version> 

Это работало для меня тоже.

+0

Thank вы. Работала красиво. Мне не нравятся некритические ошибки, о которых сообщалось в моих журналах. Меня волнует. – Spider

+1

Перемещение к последней версии драйвера разрешило проблему для java. – croraf

+1

Обновление с 9.4.1208 до 9.4.1211 тоже работало. –

4

я столкнулась с той же проблемы с SpringBoot и решили эту проблему путем модернизации моего водителя

Для весны Ботинок 1.4.0 я добавил следующую Завис

<dependency> <groupId>org.postgresql</groupId> <artifactId>postgresql</artifactId> </dependency>

+1

Это правда, но только если ваш проект является подмодулем весенней загрузки, поскольку он наследует зависимости от Spring Boot. Кроме того, не указывая версию, она приведет к использованию последней версии. – russellhoff

1

Для меня (подключение к PostgreSQL из приложения Java/Maven и сталкивается с такой же ошибкой), это была проблема с драйвером.

Обновление драйвера PostgreSQL с 9.4-1201-jdbc41 до 42.1.4 разрешило его. Моя Maven зависимость теперь выглядит следующим образом:

<dependency> 
     <groupId>org.postgresql</groupId> 
     <artifactId>postgresql</artifactId> 
     <version>42.1.4</version> 
    </dependency> 
+0

Да. Я столкнулся с той же проблемой, над версией 42.1.4 отлично работает –

Смежные вопросы