Создание графика перехода с тремя столбцами

Question

У меня есть данные, состоящие из нескольких классов (в этом примере три класса) испытуемых, но классы варьируются в зависимости от трех временных моментов: генотип, ранний фенотип и поздние стадии фенотипа.

Вот образец данных:

genotype<-cbind(c(rep("A",100),rep("B",100),rep("C",100))) 
early_phenotype<-cbind(c(rep("A",75),rep("B",75),rep("C",75),rep("A",75))) 
late_phenotype<-cbind(c(rep("A",50),rep("B",100),rep("C",100),rep("A",50))) 
df<-cbind(genotype,early_phenotype,late_phenotype) 
df<-as.data.frame(df) 
colnames(df)<-c("genotype","early_phenotype","late_phenotype") 

Я хотел бы, чтобы производить то, что обычно называют «переходный участок». Ближайший я получил это:

library(Gmisc) 
transitionPlot(table(df[,1:2]), txt_start_clr = "black", txt_end_clr = "black", fill_start_box = "white", fill_end_box = "white") 

... который производит этот сюжет:

Но я пытаюсь добиться двух вещей, что этот участок не имеют:

1. Я хочу больше двух столбцов, в этом примере три столбца: генотип, ранний фенотип и поздний фенотип. В данном примере это будет выглядеть следующим образом (я этого достиг в Photoshop, а не в R)

2. Вместо одиночных стрелок с различными весами, которые соединяют две коробки, я предпочел бы иметь несколько стрелок с джиттера/прозрачность где каждая стрелка будет представлять собой отдельные наблюдения, и появится что-то вроде этого:

Есть предложения?

P.S. Меня не волнуют изогнутые края ящиков или причудливые тени.

Answer 1

1. Я хочу больше, чем две колонки, в этом примере три колонки
2. Вместо одиночных стрелок с различными весами, которые соединяют две коробки, я предпочел бы иметь несколько стрел

Возможно, попробуйте что-то, используя igraph:

m <- sapply(1:3, function(x) paste0(df[, x], x)) 
el <- rbind(m[, 1:2], m[, 2:3]) 
library(igraph) 
g <- graph_from_edgelist(el) 
coords <- layout.norm(t(sapply(strsplit(V(g)$name, ""), function(x) as.numeric(c(-match(x[1], LETTERS), x[2]))))) 
plot(g, layout=coords[, 2:1])