Невозможно открыть HDF5 в R

Question

Я успешно загрузился в пакет rhdf5, но не смог открыть файл и создать фрейм данных R. Я прочитал herehere и here, но я все еще не понял. Я также пробовал hdfdump, но это приводит к ошибке.

Как читать в файле HDF5? Я знаю, что мне нужны все столбцы и не нужно группировать, а хотелось бы одного полного кадра данных. Спасибо

Answer 1

Я загрузил файл «h5ex_t_string.h5» в случайном порядке от here для использования в качестве примера.

Способ чтения файла .h5 является следующее:

library(rhdf5) #load library 
h5ls("h5ex_t_string.h5") #this will show you the name to use below in the argument 

> h5ls("h5ex_t_string.h5") 
    group name  otype dclass dim 
0 /DS1 H5I_DATASET STRING 4 #so the name is DS1 

D = h5read("h5ex_t_string.h5",name='DS1') #use the filename and the name to read file 

> D #Weird message in the file but I randomly downloaded it 
[1] "Parting" "is such" "sweet " "sorrow." 

Функция h5read возвращает массив, который затем можно преобразовать в data.frame, если Вам нравится

> a<-data.frame(D) 
> a 
     D 
1 Parting 
2 is such 
3 sweet 
4 sorrow.