2015-10-27 4 views
0
for i in ../fromXP/splite_files/F1*.fasta 
do 
    ./Repeatmasker $i > "${i%.fasta}"_output.txt 
done 

У меня есть папка splite_files, которая содержит F1_1.fasta, F1_2.fasta, .... F1_20533.fasta. Прямо сейчас, я пытаюсь проверить повторение каждого файла fasta и вывести результат в F1_1_output.txt. Но вышеприведенная команда дает мне ../fromXP/Split_files/F1_1_output.txt вместо F1_1_output.txt Прошу дать мне совет. Благодаря!извлечь только имя файла вместо пути + имя файла

+5

[basename] (http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/basename.html) –

ответ

0
for f in "${FILES[@]}"; 
do 
    bname=$(basename "$f" .fasta); 
    echo "./RepeatMasker $f > ${bname}_output.txt" >> runfile.txt; 
done 

Это то, что я получил, чтобы решить эту проблему. Спасибо!

Смежные вопросы