Интерфейс Java/R (JRI)

Question

Я хочу вызвать некоторый R-код из Java, на машине Linux, на которой уже установлена ​​R, поэтому необходим интерфейс Java/R (JRI).

Однако я не уверен, как это сделать.

JRI homepage говорит, что пакет упакован в rJava. Итак, я скачал rJava-0.9.3.tar.gz с rJava Files section и распаковал его, получив (среди прочего) много исходных файлов Java (и их соответствующих классов) в папке src/java, плюс 2 JAR (JRIEngine.jar и REngine.jar) в папке inst/jri.

JRI Files section, хотя, в дополнение к указанным выше 2 баночки, также включает в себя JRI.jar и все три из этих библиотек являются более поздними, чем 2 в инст/ИСР.

Кроме того, ни один из этих 3 JAR не содержит двоичные файлы для классов, найденных в src/java, которые, как представляется, необходимы для вызова R из Java.

Выполнение «make all» в папке java/src, похоже, просто выполняет некоторые тесты, и JAR не производится.

Я ожидал бы, что все необходимые классы входят в JAR-файлы, поэтому их можно легко добавить в пути к классам и в проектах IDE (например, в Eclipse).

Как я могу добраться до этого пункта?

Answer 1

Используйте install.packages("rJava") в R - это установит rJava, который включает JRI. Вы получите тот же эффект, используя R CMD INSTALL rJava_0.9-3.tar.gz. Оба являются документированными способами установки R-пакетов. Убедитесь, что JDK установлен и настроен R с поддержкой Java. После установки, вы можете спросить R о местоположении ИСР с system.file("jri",package="rJava")

Обратите внимание, что для того, чтобы использовать ИСР вам нужно настроить среду надлежащим образом (как правило, с использованием R CMD) и установить java.library.path включить местоположение ИСР. Вы можете просмотреть список рассылки stats-rosuda-devel, который является каноническим местом, чтобы спросить о rJava/JRI.