Создание гистограммы распределения и затем вычисления zscore в R

Question

У меня есть большой файл данных, который выглядит как:

Input_SNP Set_1 Set_2  Set_3  Set_4  Set_5  Set_6 
1.09  0.162 NA  2.312  1.876  0.12  0.812 
0.687  NA  0.987  1.32  1.11  1.04  NA 
NA   1.890 0.923  1.43  0.900  2.02  2.7 
2.801  0.642 0.791  0.812  NA  0.31  1.60 
1.33  1.33  NA  1.22  0.23  0.18  1.77 
2.91  1.00  1.651  NA  1.55  3.20  0.99 
1.00  2.31  0.89  1.13  1.25  0.12  1.55 

И я хотел бы найти процент каждого столбца, который является более чем 2 и не считая любой НАН Украины:

Input_SNP Set_1  Set_2  Set_3  Set_4  Set_5  Set_6 
0.33   0.166  0.000  0.166  0.000  0.286  0.166 

Я попытался mdd2 <- colMeans(as.matrix(mdd) > 2, na.rm=TRUE), но он не работает. КАК Я МОГУ ПОЛУЧИТЬ ВЫШЕ ВЫХОД?

Я хотел бы сделать распределение гистограмм значений в Set_1 до Set_6. Я уже делал это с hist(colMeans(as.matrix(df[,-1]) > 2, na.rm=TRUE))

Мой следующий план - рассчитать z-балл для моего процента Input_SNP. Я думал, это может быть сделано

pop_sd <- sd(my row name)*sqrt((row length -1)/(row length))

pop_mean <- mean(row)

zscore <- (Input_SNP percentage minus pop_mean)/pop_sd

ВЫШЕУКАЗАННЫЕ МОЯ ПОПЫТКА псевдокоде. КАК ЭТО СДЕЛАТЬ В R?

Я бы тогда хотел напечатать Z-счет на гистограмме:

Я думал, возможно, с: jpeg("hist.jpg")

hist(colMeans(as.matrix(df[,-1]) > 2, na.rm=TRUE))

print(zscore)

dev.off()

ЭТО, КАК ПЕЧАТНЫЕ РАБОТЫ?

Answer 1

вы можете попробовать что-то вроде:

over2<-colMeans(apply(as.matrix(ds), c(1,2), function(x) ifelse(is.na(x)||x<2, 0, 1))) 
percent_over2 <- colSums(over2)/dim(over2)[1] 

Answer 2

Существует is.na.data.frame метод, который возвращает логическое объект одних и тех же размеров, что и ее аргумент, который можно было бы использовать (наряду с ! дать его отрицанием) в сочетании с colSums, как вы предполагали.

colSums(df>2, na.rm=TRUE)/colSums(!is.na(df)) 
Input_SNP  Set_1  Set_2  Set_3  Set_4  Set_5  Set_6 
    0.333  0.167  0.000  0.167  0.000  0.286  0.167