Извлечение значений из столбцов в текстовом файле Вкладка DELIM

Question

Perli есть табуляцией текстовый файл с 3 колонками, как следующие

Name    Description       Ontology 
dda1  box1_homodomain gn=box1 os=homo C:Cell;C:surface;F:binding;P:toy 
dda2  sox2_plurinet gn=plu os=mouse  C:Organ;F:transport;P:carrier;P:avi 
dd13  klf4_iPSC gn=klf os=Bos   C:Cell;F:tiad;P:abs;P:digestion 

Теперь я хотел бы разделить значения (дп = ххх и OS = ххх) в колонке Описание и значения в столбце онтологий (C: ххх; F = ххх; P = ххх;) на отдельные столбцов, как следующее:

Name Description  gn  os  C    F    P  
dda1 box1_homodomain box1 homo Cell;surface binding   toy 
dda2 sox2_plurinet plu  mouse Organ;   transport carrier;avi 
dd13 klf4_iPSC  klf  Bos  Cell;   tiad  abs;digestion 

Я хочу это должен экспортировать, как вкладка DELIM файл или первенствует file.i бы действительно отлично, если кто-то может объяснить, как я могу достичь этого в perl. Пожалуйста, помогите мне.

Заранее спасибо

Answer 1

Я видел PERL вопрос после того, как 5 лет моей Java. Я был взволнован, и я хочу сделать это упражнение. Теперь, я помню вещи, которые я сделал, и вставил код ниже. Просто обогатите тот же код для последнего столбца «Онтология» с помощью регулярного выражения и той же концепции хэша, что и вы. Вы можете сделать несколько способов в perl. Это может быть больше кода. Но, я помню ниже.

#!/usr/bin/perl 

use Data::Dumper; 
my %output; 
open(IN, "stack.txt"); 
while(<IN>) { 
    my @nameColumns, @descriptionColumns; 
    if ($_ =~ /Name/) { 
    $ouput{'Name'} = @nameColumns; 
    $ouput{'Description'} = @descriptionColumns; 
    next; 
    } 
    my ($group1, $group2, $group3, $group4, $group5, $group6, $group7) = ($_ =~ m/(\w+)\s+(\w+)\s+(\w+)\=(\w+)\s+(\w+)\=(\w+)\s+(.*)/gi); 
    # Column 1 
    @nameColumns = @{$output{'Name'}}; 
    push(@nameColumns, $group1); 
    $output{'Name'} = [@nameColumns]; 

    # Column 2 
    #print "$group2, $group3, $group4, $group5, $group6, $group7"; 
    @descriptionColumns = @{$output{'Description'}}; 
    push(@descriptionColumns, $group2); 
    $output{'Description'} = [@descriptionColumns]; 

    # column 3 
    @column3 = @{$output{$group3}}; 
    push(@column3, $group4); 
    $output{$group3} = [@column3]; 

    # column 4 
    @column4 = @{$output{$group5}}; 
    push(@column4, $group6); 
    $output{$group5} = [@column4]; 

    #Column ... 

} 
close(IN); 
print Dumper(\%output); 

$VAR1 = { 
 
      'gn' => [ 
 
        'box1', 
 
        'plu', 
 
        'klf' 
 
        ], 
 
      'os' => [ 
 
        'homo', 
 
        'mouse', 
 
        'Bos' 
 
        ], 
 
      'Name' => [ 
 
         'dda1', 
 
         'dda2', 
 
         'dd13' 
 
        ], 
 
      'Description' => [ 
 
          'box1_homodomain', 
 
          'sox2_plurinet', 
 
          'klf4_iPSC' 
 
          ] 
 
     };

Примечание: Выход выше. Если вы все еще не определились, как закончить эту программу, дайте мне знать, чтобы провести больше времени.