Neo4j: неверный ввод в cypher

Question

Я работаю над проектом, целью которого является создание системы для извлечения биомедицинской информации (например, биомедицинских объектов, таких как наркотики, болезни и гены, а также взаимоотношения между ними). Когда я попытался получить базу данных, чтобы найти конкретное заболевание, используя оператор cypher:

Для cypher string "MATCH (m: Disease) WHERE m.disease_name = ~ '(? I)" + disease + "' RETURN m" ;

если болезнь с названием «2'-бензоилоксициннальдегид» или «4- [1-ALLYL-7- (TRIFLUOROMETHYL) -1H-INDAZOL-3-YL] BENZENE-1,3-DIOL», исключения произойдет с сообщениями следующим образом:

Недопустимый ввод '' ': ожидается 0..9,'. ',' e ',' E ', символ идентификатора, пробелы, метки узлов,' [', "= ~ ", IN, STARTS, ENDS, CONTAINS, IS, '^', '*', '/', '%', '+', '-', '='," <> ","! = " , '<', '>', "< =", "> =", AND, XOR, OR, LOAD CSV, START, MATCH, UNWIND, MERGE, CREATE, SET, DELETE, REMOVE, FOREACH, WITH, RETURN, UNION, ';' или конец ввода (строка 1, столбец 53 (смещение: 52)) «MATCH (n1: Drug) - [x] - (n2: Disease) RETURN n1 LIMIT 25" "

Как я могу исправить эту проблему ? Спасибо огромное!

Answer 1

Вы на самом деле есть 2 разных запросов, и они имеют различные проблемы:

1. Первый запрос генерируется этим утверждением:

   "MATCH (m:Disease) WHERE m.disease_name =~ '(?i)"+disease+"' RETURN m"; 
   

   Поскольку вы используете одинарные кавычки в регулярном выражении строковый разделитель, если значение disease содержит одиночную кавычку, то это слишком рано заканчивает регулярное выражение. У вас есть несколько вариантов, перечисленных в увеличении качества:

   • побега (используя предшествующую обратную косую черту) все единичные кавычки в disease.

   • Использовать двойные кавычки в качестве разделителя строк регулярного выражения (что также требует escape-символов, но disease не нужно изменять). Я предполагаю, что disease (который на самом деле, кажется, химическое название) никогда не будет включать в себя двойные кавычки:

     "MATCH (m:Disease) WHERE m.disease_name =~ \"(?i)" + disease + "\"RETURN m"; 
     

   • Передайте значение disease как parameter. Не требуется экранирование, и запрос будет быстрее, если вам нужно сделать по существу один и тот же запрос несколько раз. Однако значение переданного параметра должно начинаться с «(? I)».

     "MATCH (m: Disease) WHERE m.disease_name = ~ {disease} RETURN m";

2. Ваш второй запрос имеет одинаковую опечатку. Он имеет дополнительные двойные кавычки в конце:

   "MATCH (n1:Drug)-[x]-(n2:Disease) RETURN n1 LIMIT 25"" 
   

   Оно должно быть:

   "MATCH (n1:Drug)-[x]-(n2:Disease) RETURN n1 LIMIT 25"