igraph in R: преобразование двудольного графа в одномодовую сеть связи

Question

Ниже представлен набор данных игрушек, который я создал с помощью igraph в Rstudio для двухсторонней сети террористических преступников и их целей. Следующая спецификация для направленных двудольных отношений между обеими типами вершин:

set.seed(1234) 

df <- data.frame(
    perpetrator <- c(
     'Armed Islamic Group (GIA)', 
     'Armed Islamic Group (GIA)', 
     'Algerian Islamic Extremists', 
     'Islamic Salvation Front (FIS)', 
     'Unindentified Activists', 
     'Armed Islamic Group (GIA)', 
     'Armata di Liberazione Naziunale (ALN)', 
     'Armed Islamic Group (GIA)', 
     'Islamist Extremists', 
     'Muslim Fundamentalists'), 
     target <- c(
     'Unnamed Civilians', 
     'Unnamed Civilians', 
     'Unnamed Civilians', 
     'Government Buildings', 
     'Police Station', 
     'Soldiers', 
     'Terrorist Group', 
     'Unnamed Civilians', 
     'Police Patrol', 
     'Police Patrol'), 
     stringsAsFactors = TRUE) 

net <- graph.edgelist(as.matrix(df)) 

V(net)$type <- bipartite.mapping(net)$type 

proj_net <- bipartite.projection(net) 

plot(net, 
main = "Bipartite Projection of Algerian Terror Network", 
layout=-layout.bipartite(net)[,2:1]) 

Моим вопрос: Как бы преобразовать это в аффилированности сеть один режим (unipartite), где вершины являются террористическими преступниками и края являются ли общие цели между исполнителями? Моя догадка говорит мне, что мне приходится умножать матрицу и строить матрицу смежности, но я не увенчался успехом после некоторых сценариев на этом форуме. Я понимаю, что в этом примере игрушек у меня будет несколько изолятов и несколько диад, но хотелось бы расширить этот процесс преобразования до более крупного набора данных, как только я получу ручку механики.

Во-вторых, для одномодовой спецификации являются описательные меры, такие как центральность, плотность и транзитивность, такие же, как и в других непростых графах, или же описательная интерференция в двухпартийных сетях требует различных мер сетевой структуры?

Answer 1

У вас его уже нет?

df <- data.frame(perpetrator=c("A","A","B","C","D","A","E","A","F","G"), 
        target  =c("a","a","a","b","c","d","e","a","f","f")) 
net <- graph.edgelist(as.matrix(df)) 
V(net)$type <- bipartite.mapping(net)$type 
par(mfrow=c(1,2),mar=c(0,1,1,1)) 
plot(net, main="Full Network",edge.arrow.size=0.5) 
plot(bipartite.projection(net)$proj1,main="Affilitaton Network") 

bipartite.projection(...) возвращает список из двух графов, названных $proj1 и $proj2, которые имеют принадлежность сетей. Таким образом, в этом случае A и B подключены через a, а F и G подключены через f.

Answer 2

Для решения второй вопрос:

Во-вторых, для спецификации одномодового описательные меры, такие как центральности, плотности и транзитивности такой же, как и в других unpartite графиков, или же описательный вмешательство в двудольных сети требуют различных мер сетевой структуры?

Это не программирование, а статистический вопрос. Часть ответа лежит на вашем исследовательском вопросе. Например, см. Bonacich et al., 1998 для обсуждения корреляции размера группы с мерами централизации. Я хотел бы направить вас к следующим статьям для начала:

Latapy, Matthieu, Clémence Magnien и Nathalie Del Vecchio. «Основные понятия для анализа больших двухрежимных сетей». Социальные сети 30.1 (2008): 31-48.

Фауст, Кэтрин. «Центрирование в сетях связи». Социальные сети 19.2 (1997): 157-191.

Bonacich, Phillip, Amalya Oliver и Tom AB Snijders. «Контроль за размером в показателях центральности». Социальные сети 20.2 (1998): 135-141.