2012-02-16 3 views
12

Существует ли быстрый способ нахождения строк в матрице A в матрице B? , например.Сравнение строк между двумя матрицами

m1 = matrix(c(1:6), ncol=2, byrow = T); m2 = matrix(c(1:4), ncol=2, byrow=T); 

и результат будет 1, 2.

матрицы не имеют одинаковое количество строк (количество столбцов и то же), и они несколько большие - от 10^6 - 10^7 количество строк.

Самый быстрый способ сделать это, что я знаю сейчас, это:

duplicated(rbind(m1, m2)) 

Tnx!

+2

Ваше решение с 'duplicated' также возвратит любые строки, которые будут повторяться внутри матрицы, даже если она появляется только в одной из двух матриц. Во всяком случае, ответ @ MatthewDowle велик. –

+1

'data.table' может быть быстрее, потому что он не использует' do.call («вставить» 'под капот. Если вы предпочитаете' duplicated' в 'M2 [M1]', то 'duplicated (as.data.table (rbind (m1, m2))) 'может быть быстрее по той же причине. Заинтересованы в ваших таймингах. –

+0

@ Давид. О, да, хорошая точка зрения о« дублированном »подходе. –

ответ

21

быстрый способ для этого размера должен быть:

require(data.table) 
M1 = setkey(data.table(m1)) 
M2 = setkey(data.table(m2)) 
na.omit(
    M2[M1,which=TRUE] 
) 
[1] 1 2 
-1

Я создал эту функцию, которая будет возвращать исходный идентификатор. Например, вы хотите совместить матрицу x с матрицей y, она вернет идентификатор соответствия y.

rowiseMatch2 <- function(x,y){ 
    require(data.table) 
    keycols <- colnames(x) 
    x <- cbind(x, id=1:nrow(x)) 
    y <- cbind(y, id=1:nrow(y)) 
    m1 = data.table(x) 
    setkeyv(m1, keycols) 
    m2 = data.table(y) 
    setkeyv(m2, keycols) 
    m1id <- m1$id 
    m2id <- m2$id 

    m1$id <- NULL 
    m2$id <- NULL 

    m <- na.omit(m2[m1,which=TRUE]) 
    mo <- m2id[m][order(m1id)] 

    if(length(mo) == nrow(x)){ 
    cat("Complete match!\n") 
    }else{ 
    cat("Uncomplete match, match percentage is:", round(length(mo)/nrow(x), 4)*100, "%\n") 
    } 
    return(as.integer(mo)) 
} 
Смежные вопросы