Цветовые карты Pyplot, показывающие разные результаты

Question

Немного с некоторыми образцами кода scikit-image и pyplot Я нашел разные результаты на своих изображениях в зависимости от того, как я применяю свои цветовые карты, и я не знаю почему.

Когда я применяю цветовую карту в качестве плагина при показе изображения, все идет хорошо, когда я делаю это непосредственно к изображению, он становится абсолютно черным. Я смущен, потому что хочу применить эти цветовые карты к изображениям, которые хочу сохранить (вместо шоу), и я не знаю, как это сделать правильно.

import matplotlib.pyplot as plt 
from skimage import data 
from skimage.color import rgb2hed 


ihc_rgb = data.immunohistochemistry() 
ihc_hed = rgb2hed(ihc_rgb) 

fig, axes = plt.subplots(2, 2, figsize=(7, 6)) 
ax0, ax1, ax2, ax3 = axes.ravel() 

ax0.imshow(ihc_hed[:, :, 0], cmap=plt.cm.gray) 
ax0.set_title("plugin") 

ax1.imshow(plt.cm.gray(ihc_hed[:, :, 0])) 
ax1.set_title("direct") 

[это идет на немного]

Answer 1

Значения внутри ihc_hed[:, :, 0] лежат между -1.37 и -0.99. Поведение по умолчанию imshow - это отображение всего диапазона значений. plt.cm.gray, с другой стороны, работает с изображениями со значениями от 0 до 1.

Автоматическое масштабирование сохраняет вас в первом случае, но не во втором. Я рекомендую всегда использовать imshow с фиксированным диапазоном: imshow(image, vmin=0, vmax=1, cmap='gray')

Answer 2

От ваш комментарий к Stefan van der Walt «s answer я делаю вывод, что вы не хотите, чтобы сохранить цифры Matplotlib, но изображения непосредственно. Как указал Стефан, вам нужно масштабировать значения, прежде чем вы сможете использовать цветовую палитру. Matplotlib предоставляет класс Normalize для этого:

import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib.colors 
from skimage import data 
from skimage.color import rgb2hed 

ihc_rgb = data.immunohistochemistry() 
ihc_hed = rgb2hed(ihc_rgb) 

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(8, 3)) 
ax0, ax1, ax2 = axes.ravel() 

ax0.imshow(ihc_hed[:, :, 0], cmap=plt.cm.gray) 
ax0.set_title("plugin") 

ax1.imshow(plt.cm.gray(ihc_hed[:, :, 0])) 
ax1.set_title("direct") 

norm = matplotlib.colors.Normalize() 
gray_image = plt.cm.gray(norm(ihc_hed[:,:,0])) 

ax2.imshow(gray_image) 
ax2.set_title("direct with norm") 

for a in axes: 
    a.xaxis.set_visible(False) 
    a.yaxis.set_visible(False) 

plt.gcf().tight_layout() 
plt.show()