Что такое быстрый способ в Python читать массивы HDF5 dtype?

Question

У меня есть файл HDF5 с 20 наборами данных, каждый из которых содержит 200 строк сложного dtype ('<r4', '<r4', '<i4'), где каждый компонент dtype представляет собой одномерную переменную. Я нахожу, что для открытия каждого файла требуется около 2 секунд и назначить компонент столбца своей переменной, что кажется мне очень медленным. Я использую h5py и NumPy, чтобы открыть и прочитать из файла в Numpy массивы:

import numpy as np 
import h5py 
... 
f = h5py.File("foo.hdf5", "r") 
set1 = f["foo/bar"] 
var1 = np.asarray([row[0] for row in set1]) 
var2 = np.asarray([row[1] for row in set1]) 
var3 = np.asarray([row[2] for row in set1]) 

Есть ли более быстрый способ извлечь переменные из этих наборов данных?

Вот скриншот одного из наборов данных с использованием hdfview:

Answer 1

гораздо более быстрый способ (~ 0,05 секунды) является преобразование набора данных в массив, а затем ссылаться на поля по имени:

import numpy as np 
import h5py 
... 
f = h5py.File("foo.hdf5", "r") 
set1 = np.asarray(f["foo/bar"]) 
var1 = set1["var1"] 
var2 = set1["var2"] 
var3 = set1["var3"]