Сохранение минимального количества платформ разработки - это всегда хорошая идея. Он будет поддерживать низкие требования к развертыванию, уменьшает сложность работы и обеспечивает наилучшую интеграцию.
Если вы хотите заменить PHP на Java, у вас есть много фреймворков, которые вы можете использовать для замены PHP. Хорошим вариантом будет Stripes framework, это простая в использовании среда MVC, которая не нуждается в большой конфигурации.
Другим очень эффективным решением будет использование Java в бэкэнд для заполнения базы данных. И используйте PHP в конце концов и используйте базу данных для извлечения данных. Таким образом, интеграция ограничивается общей базой данных.
Если вы хотите иметь прямую интеграцию между PHP и Java, все становится более сложным. Это может быть реализовано либо веб-службами, либо быстрее php-java-bridge. Но я не думаю, что вам это нужно, и если вы это сделаете, я бы серьезно подумал о переносе всего проекта на Java.
Для примера реализации в PHP-Java-бридж смотрите: How to share session between Java and PHP