сообщение (biostrings) writeXStringSet-Error - «х» должен быть объектом XStringSet

Question

Я пытаюсь использовать функцию Biostrings 'writeXStringSet' Моя строка 'AAAAATTTTCCCCGGGG' Имя последовательности 'NAME' Я попытался следующий сценарий

writeXStringSet(seq,width=70,format="fasta")) 

Но я получаю следующее сообщение об ошибке

'х' должен быть объектом XStringSet

Что я делаю неправильно?

Answer 1

Задайте вопросы о пакетах Bioconductor на Bioconductor support site. У вас есть вектор символов, но в этом случае вам нужен DNAStringSet (X = DNA, но также может быть AA, если это аминокислотная последовательность).

dna = DNAStringSet(seq) 

Вероятно, вы собираетесь иметь имена на вашей последовательности, c(foo="AAA", bar="ATCG") или names(dna) = c("foo", "bar"), иначе писать в формате FASTA не будет иметь смысла.