Установка rpy2 с установкой пользовательских R

Question

У меня есть выборочная установка R в

~/R-3.2.2/bin/

Когда я бег

sudo pip install rpy2 

Я получаю

Warning: Tried to guess R's HOME but no command (R) in the PATH. 
Traceback (most recent call last): 
    File "<string>", line 17, in <module> 
    File "/tmp/pip-build-ITKmkR/rpy2/setup.py", line 330, in <module> 
    ri_ext = getRinterface_ext() 
    File "/tmp/pip-build-ITKmkR/rpy2/setup.py", line 231, in getRinterface_ext 
    r_home = _get_r_home() 
    File "/tmp/pip-build-ITKmkR/rpy2/setup.py", line 63, in _get_r_home 
    r_home = r_home.split(os.linesep) 
UnboundLocalError: local variable 'r_home' referenced before assignment 

Я не нашел ответа на эту проблему, даже если она появляется в нескольких сообщениях. Вот что я пытался

• добавить R исполняемый в PATH

  экспорт PATH = $ PATH: /home/R-3.2.2/bin/ не работает

• экспорт R_HOME с тем же значением: не работает

• echo export PATH=$PATH:/home/R-3.2.2/bin/ >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

не работает.

С другой стороны, «проблема», кажется, решена здесь https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/283/rpy2-installation-error-when-r-output

Как правильно установить rpy2?

Answer 1

Ошибка возникает из-за issue in rpy2 (только исправлено). В противном случае это может быть связано с тем, что R не находится в PATH, как вы думаете, или, возможно, у вас нет разрешения на его запуск.

Try:

# assert that the R executable is where you think it is 
~/R-3.2.2/bin/R --version 
# set the PATH 
export PATH=${PATH}:~/R-3.2.2/bin/ 
# unset R_HOME if needed 
unset R_HOME 
# install rpy2 
pip install rpy2