Как разобрать файл JSON?

Question

Мне нужно обработать большой файл JSON, чтобы извлечь информацию из него. Вот что мой файл выглядит следующим образом:

[ 
    { 
    "diagnoses": [ 
     { 
     "classification_of_tumor": "not reported", 
     "last_known_disease_status": "not reported", 
     "updated_datetime": "2016-05-16T11:00:32.695517-05:00", 
     "primary_diagnosis": "c50.9", 
     "submitter_id": "TCGA-AN-A0FD_diagnosis", 
     "tumor_stage": "stage iia", 
     "age_at_diagnosis": 26007.0, 
     "vital_status": "alive", 
     "morphology": "8500/3", 
     "days_to_death": null, 
     "days_to_last_known_disease_status": null, 
     "days_to_last_follow_up": 196.0, 
     "state": null, 
     "days_to_recurrence": null, 
     "diagnosis_id": "9b0c5d28-5bd6-536f-8cfb-1e96044bce38", 
     "tumor_grade": "not reported", 
     "tissue_or_organ_of_origin": "c50.9", 
     "days_to_birth": -26007.0, 
     "progression_or_recurrence": "not reported", 
     "prior_malignancy": "not reported", 
     "site_of_resection_or_biopsy": "c50.9", 
     "created_datetime": null 
     } 
    ], 
    "case_id": "c6086936-7544-4da0-8c0c-114166848483", 
    "demographic": { 
     "updated_datetime": "2016-05-16T11:00:32.695517-05:00", 
     "created_datetime": null, 
     "gender": "female", 
     "state": null, 
     "submitter_id": "TCGA-AN-A0FD_demographic", 
     "year_of_birth": 1939, 
     "race": "white", 
     "demographic_id": "423c153c-77d7-5e97-ae64-11442d5ba4f8", 
     "ethnicity": "not hispanic or latino", 
     "year_of_death": null 
    }, 
    "exposures": [ 
     { 
     "cigarettes_per_day": null, 
     "weight": null, 
     "updated_datetime": "2016-05-16T11:00:32.695517-05:00", 
     "alcohol_history": null, 
     "alcohol_intensity": null, 
     "bmi": null, 
     "years_smoked": null, 
     "height": null, 
     "created_datetime": null, 
     "state": null, 
     "exposure_id": "0abf6770-e176-523e-a94e-66d779c58e69", 
     "submitter_id": "TCGA-AN-A0FD_exposure" 
     } 
    ] 
    }, 

Выход Я заинтересован в текстовый файл с двумя колонками, где столбец один является tumor_stage и колонка два является case_id. В этом примере это будет выглядеть так:

stage iia  c6086936-7544-4da0-8c0c-114166848483 

Answer 1

Здесь представлена ​​программа Python, которая выполняет требуемое преобразование. Скопируйте этот код в файл, называемый, например, «convert.py». Вы можете запустить программу следующим образом:

python convert.py my_existing_file.json my_new_file.txt 

Вот программа:

import argparse 
import json 


# Get filenames from user 
parser = argparse.ArgumentParser() 
parser.add_argument(
    'input', type=argparse.FileType('r'), help="input JSON filename") 
parser.add_argument(
    'output', type=argparse.FileType('w'), help="output 2-col text filename") 
args = parser.parse_args() 

# Read data in 
data = json.load(args.input) 

# Convert data to abstracted format 
data = [[d["diagnoses"][0]["tumor_stage"], d["case_id"]] for d in data] 

# Write the data out: 
for d in data: 
    args.output.write("{}\t{}\n".format(*d))