pytables не удалось

Question

я:

sudo pip install --upgrade tables 

я получаю:

/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5 
collect2: ld returned 1 exit status 
.. ERROR:: Could not find a local HDF5 installation. 
    You may need to explicitly state where your local HDF5 headers and 
    library can be found by setting the ``HDF5_DIR`` environment 
    variable or by using the ``--hdf5`` command-line option. 
Complete output from command python setup.py egg_info: 
/usr/bin/ld: cannot find -lhdf5 

однако:

$ echo $HDF5_DIR 
/opt/hdf5/ 
$ ls /opt/hdf5/ 
bin include lib share 
$ ls /opt/hdf5/lib/ 
libhdf5.a  libhdf5_hl.la libhdf5_hl.so.8  libhdf5.la  libhdf5.so libhdf5.so.8.0.1 
libhdf5_hl.a libhdf5_hl.so libhdf5_hl.so.8.0.1 libhdf5.settings libhdf5.so.8 

Что случилось? Как отлаживать? Я уже пытался установить HDF5_DIR в/opt/или/opt/hdf5/lib.

Answer 1

У меня такая же проблема, но я использую передний край, а не выпуск пипа (см. «Рядом»). Я также попытался указывая на самой

export HDF5_DIR=/usr/lib/libhdf5.so.6 

библиотеки, но это не сработало.

стороне: Вы можете попробовать передний край PyTables, если вы думаете, что ваша ошибка, возможно, были решены в последнее время:

sudo pip install git+https://github.com/PyTables/PyTables 

.

Сборка (которая была вызвана установкой pip ...), по-видимому, продолжалась после установки dev-версии библиотеки hdf5 (libhdf5-openmpi-dev). Сборка по-прежнему не удалась по другим причинам, но это другое направление, которое вы могли бы попробовать.

Answer 2

У меня также была такая же ошибка для Debian sid, пытающейся работать в локальном virtualenv. Чтобы обойти это, я сделал:

apt-get build-dep python-tables 
HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ pip install tables 

... теперь он работает.

Answer 3

я был в состоянии исправить это легко в OSX с виртуальными средами с помощью следующего кода:

$ brew install hdf5 
    $ pyvenv test 
    $ workon myvenv # to get pytables working within the virtual environment myvenv 
    $ pip install numpy numexpr cython 
    $ pip install tables 

(взятый из andreabedini поста в https://github.com/PyTables/PyTables/issues/385)