Чтобы избежать перезапуска, которую дает решение Тима, сверните собственный автоудатчик, который запускается вместо приложения.
Попросите его проверить предопределенный URL-адрес и вытащить его последним, а затем установить и запустить.
Для полноты получить приложение для проверки обновленного AutoUpdater :)
Это то, что я реализовал с установкой на 50 устройств, и это работает лакомство.
Я добавил функциональность, позволяющую запускать скрипты sql ce как часть обновления, вы получаете большинство тех же функций сценариев, что и на рабочем столе. (Хотя и без генерации)