Рабочий код сценария R не работает в Markdown - RStudio висит

Question

Может ли кто-нибудь помочь мне понять, как действительный r-код скрипта вызывает утилизацию документа в rStudio, чтобы висеть и не реагировать на то, что мне нужно прекратить сеанс и среду IDE? Ни один документ не вяжется ни

Справочная информация:

• Пробовал на 2 разных машинах, работает последняя версия rStudio 0.99.489 и R 3.2.2 (64Bit) на ОС Windows 7 & для Windows 10.
• Пробовал использовать packrat для управления пакетами
• Пробовал загружать файл формы из каталога проекта
• Пробовал загружать другой файл формы из spdep pr роект загрузить
• Пробовал переустановить пакеты снова

R Script Получить необходимые библиотеки и загрузить их

#Install the GIS packages 
install.packages("spdep",dependencies = TRUE) 
install.packages("maptools",dependencies = TRUE) 
#Load the libraries 
library(spdep) 
library(maptools) 

Это работает в R (вам нужно будет получить правильное место для файл формы в вашей системе)

#See where the library files are stored 
.libPaths() 
#Load the Eire shape file which came in spdep package using the readShapePoly function from maptools (needed to change the slashes from windows to those supported in R) 
eireMap <- readShapePoly("C:R/3.2/spdep/etc/shapes/eire.shp"[1],ID="names", proj4string=CRS("+proj=utm +zone=30 +units=km")) 
#Plot the map as there was no problem reading the shape file correctly in R script 
plot(eireMap) 

R Markdown

--- 
title: "GIS using R" 
author: "Me" 
date: "18 November 2015" 
output: word_document 
--- 

This is an R Markdown document of the R worksheet for GIS. Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code contained in that snippet 

```{r, echo=FALSE} 
#Install the packages if not done already 
install.packages("spdep",dependencies = TRUE) 
install.packages("maptools",dependencies = TRUE) 
``` 

Load the libraries 
```{r, echo=FALSE} 
library(spdep) 
library(maptools) 
``` 


See where the library files are stored 
```{r} 
.libPaths() 
``` 

Try to Load the Eire shape file but it causes R Studio to hang and become unresponsive 
```{r} 
eireMap <- readShapePoly("C:R/win- library/3.2/spdep/etc/shapes/eire.shp"[1],ID="names", proj4string=CRS("+proj=utm +zone=30 +units=km")) 
``` 

Can't plot the map because the system has hung by this stage 
```{r} 
plot(eireMap) 
names(eireMap) 
eireMap $names 
``` 

Answer 1

Это позволит вам проверить пакеты перед повторной установкой (и не выводит никаких сообщений при загрузке их). Затем он использует кросс-платформенный способ получения имени файла для необходимого шейп-файла, а затем читает &. Отдельные строки кода R (т. Е. Не-Rmd) отлично работают на консоли R, а в RStudio + Rmd отлично вписываются в систему OS X и Linux. Есть более элегантные способы сделать проверку/загрузку пакета, но это позволит вам быстро проверить, есть ли более серьезная проблема в вашей системе.

--- 
output: html_document 
--- 

```{r echo=FALSE, message=FALSE} 
if (!require(spdep)) install.packages("spdep",dependencies=TRUE) 
if (!require(maptools)) install.packages("maptools",dependencies=TRUE) 
require(spdep) 
require(maptools) 
``` 

```{r} 
eire_shp <- system.file("etc/shapes/eire.shp", package="spdep") 

eireMap <- readShapePoly(eire_shp, ID="names", 
         proj4string=CRS("+proj=utm +zone=30 +units=km")) 
``` 

```{r} 
plot(eireMap) 
names(eireMap) 
eireMap$names 
```