матрицы в R - phytools индекс вне границ

Question

Я хотел построить матрицу представления скупости с R. Я нашел this phylogenetic package и я решил дать ему попробовать, хотя я новичок в R.

подмножество деревьев можно найти here

Когда я использую этот пример, я могу сгенерировать тестовое дерево. Однако, когда я использую мой файл, я получаю эту ошибку:

Error in XX[rownames(X[[i]]), c(j:((j - 1) + ncol(X[[i]])))] <- X[[i]] 
    [1:nrow(X[[i]]), : subscript out of bounds 

Другое дело, что я визуализации не работает, как он должен это species. Потому что, если я печатаю виды, я получу пустое «» и два НС.

(...) 
if(i==1) species<-phy[[i]]$tip.label 

EDIT
Я попытался с другими Newick файлами и имеют одинаковые и разные ошибки. Хотя функция говорит:

This function reads a file which contains one or several trees in 
parenthetic format known as the Newick or New Hampshire format. 

Возможно, вы не можете прочитать эти файлы. Есть идеи?

Кто-нибудь хочет помочь понять, что я должен сделать, чтобы избежать этой ошибки?

Спасибо!

Answer 1

Как я решил проблему?

Я пробовал с различными новыми файлами, и все они дали мне ошибку.

Поскольку он работал с примером, предоставленным автором, после одного предложения я решил написать эти тестовые деревья в файл, понял, что деревья не имеют никаких расстояний после удаления расстояний от файла, код, предоставленный Лиамом, сработал!