R петля становится медленнее и медленнее

Question

Я боюсь понять, почему этот бит кода (адаптированный из R Benchmark 2.5) становится медленнее и медленнее (в среднем) по мере увеличения количества итераций.

require(Matrix) 
c <- 0; 
for (i in 1:100) { 
    a <- new("dgeMatrix", x = rnorm(3250 * 3250), Dim = as.integer(c(3250, 3250))) 
    b <- as.double(1:3250) 

    invisible(gc()) 
    timing <- system.time({ 
    c <- solve(crossprod(a), crossprod(a, b)) 
    }) 
    print(timing) 

    rm(a, b, c) 
} 

Вот sample output, которая изменяется незначительно от одного прогона к другому.

Как я понимаю, ничто не должно сохраняться с одной итерации на другую, но время медленно увеличивается с 1 секунды в первые несколько циклов до более чем 4 секунд в более поздних циклах. Есть ли у вас какие-либо идеи, что вызывает это, и как я могу это исправить?

Переключение цикла for в приложение * похоже, дает аналогичные результаты.

Я знаю, что код не оптимизирован, но он исходит из широко используемого бенчмарка, и в зависимости от того, что вызывает это поведение, это может указывать на серьезное смещение в его результатах (которое по умолчанию повторяется 3 раза).

Я запускаю R версию 3.0.1 (x86_64) на Mac OS 10.8.4 с 16 ГБ оперативной памяти (многие из которых бесплатны). BLAS - это OpenBLAS.

Answer 1

Возможно, вы могли бы попытаться превратить код в цикл for в функцию. Таким образом, на самом деле никто не может воздействовать на другой. Кроме того, он устраняет беспорядок, вызванный чрезмерным использованием rm() и gc().

require(Matrix) 

NewFun <- function() { 
    a <- new("dgeMatrix", x = rnorm(3250 * 3250), Dim = as.integer(c(3250, 3250))) 
    b <- as.double(1:3250) 
    timing <- system.time({ 
     c <- solve(crossprod(a), crossprod(a, b)) 
    }) 
    print(timing) 
} 

for (i in 1:100) { 
    NewFun() 
} 

Answer 2

Одним из решений было бы использовать пакет компилятора для компиляции кода в байтовый код. Это должно устранить проблемы с нечетным временем, поскольку он будет вызывать один и тот же скомпилированный код на каждой итерации. Это также должно сделать ваш код быстрее. Чтобы включить компилятор кода, включают в себя две строки ниже:

library(compiler) 
enableJIT(3) 

Если компиляции кода не устраняет проблему, то совокупность подозрительных проблем будет сужен.