Файл .htaccess воздействует на the directory it's in and all the descendent directories. Вам понадобится другой .htaccess в подпапке, если он изменяет правила или добавляет новые в то, что было унаследовано от его родительского каталога.
Чтобы расширить это на основе более подробной информации ниже: Если файлы .htaccess находятся в каталогах выше вашего хоста, они будут иметь эффект. Однако вы не должны изменять или удалять файлы на общих серверах, на которые у вас нет прямого разрешения. Проверьте с вашим хостом или sysadmin - возможно, эти файлы должны быть там, или, возможно, их можно убрать. В любом случае вы можете переопределить правила .htaccess с файлом .htaccess в подкаталоге.
Непонятно, что вы имеете в виду. Можете ли вы добавить несколько примеров и уточнить? – anubhava