Я пытаюсь определить парные коэффициенты корреляции и значимости pearson (p-значение) между двумя наборами по 6 столбцов каждый.Корреляция Пирсона (cor.test) с использованием конкретных столбцов матрицы данных
Я использую следующий скрипт:
output <- matrix(dim(data2)[1]*4,dim(data2)[1],4)
for (i in dim(data)[1]){
r<-cor.test(data[i,c(2:7)],data[i,c(9:14)],method="pearson")
output[i,3]<-r$p.value
output[i,4]<-r$estimate
output[i,1]<-data[,1] # target geneID
output[i,2]<-data[i,8] # miRNAID
}
colnames(output) <- c("geneID","miRNAID","p-val","corr")
head(output)
Но у меня вопрос с типом вектора в матрице данных
Я бы высоко оценивайте ваши материалы по этой проблеме.
Благодаря V
Ошибка msg вполне объяснительная - 'cor.test' работает только на векторы. Вместо этого вы отправляете кадры данных, поэтому он не работает. Посмотрите на [corrr package] (https://cran.rstudio.com/web/packages/corrr/index.html) для удобных способов вычисления корреляций – Ben