Как получить координаты точек и кластерные метки из R clusplot()

Question

я использую K-medoids алгоритм pam сделать кластеризацию на основе (симметричной) матрицы расстояний, tmp ниже:

if(!require("cluster")) { install.packages("cluster"); require("cluster") } 
tmp <- matrix(tmp <- matrix(c(0, 20, 20, 20, 40, 60, 60, 60, 100, 120, 120, 120, 
      20, 0, 20, 20, 60, 80, 40, 80, 120, 100, 140, 120, 
      20, 20, 0, 20, 60, 80, 80, 80, 120, 140, 140, 80, 
      20, 20, 20, 0, 60, 80, 80, 80, 120, 140, 140, 140, 
      40, 60, 60, 60, 0, 20, 20, 20, 60, 80, 80, 80, 
      60, 80, 80, 80, 20, 0, 20, 20, 40, 60, 60, 60, 
      60, 40, 80, 80, 20, 20, 0, 20, 60, 80, 80, 80, 
      60, 80, 80, 80, 20, 20, 20, 0, 60, 80, 80, 80, 
      100, 120, 120, 120, 60, 40, 60, 60, 0, 20, 20, 20, 
      120, 100, 140, 140, 80, 60, 80, 80, 20, 0, 20, 20, 
      120, 140, 140, 140, 80, 60, 80, 80, 20, 20, 0, 20, 
      120, 120, 80, 140, 80, 60, 80, 80, 20, 20, 20, 0), 
      nr=12, dimnames=list(LETTERS[1:12], LETTERS[1:12])) 
tmp_pam <- pam(as.dist(tmp, diag = TRUE, upper = TRUE) , k=3) 
tmp_pam$clusinfo # get cluster info 
tmp_pam$silinfo # get silhouette information 
clusplot(tmp_pam) 

У меня есть читать here, что clusplot использует cmdscale и princomp, что имеет смысл. Однако порядок операций не указан.

Как я могу получить координаты Component1 и Component2 вместе с их метками кластера и идентификаторами точек с вывода clusplot? Я хочу иметь доступ к ним, чтобы изменить/занести их в ggplot.

Я предполагаю, что построение так или иначе связаны с информацией силуэт, но не совсем понимаю, как мы доберемся до конечного участка ниже:

Answer 1

Согласно документации, clusplot использует либо

• анализа главных компонент
• многомерное шкалирование

, чтобы проектировать ваши данные. Вероятно, зависит от того, передали ли вы данные или матрицу расстояний.