ли сервер будет виртуальными или физическим? Если это будет виртуально, это не имеет значения, потому что большинство гипервизоров все равно превратят FC-соединение в iSCSCI. Лучшая производительность с FC или FCoE, чем iSCSI, на мой взгляд, но в основном это сводится к стоимости.
Лично я запускаю свои виртуальные машины и физические SQL-серверы с помощью FCoE из-за скорости, стабильности и чистоты. Если вы можете себе это позволить, это лучший способ пойти. Но карты CNA и сетевое оборудование, поддерживающие FCoE, действительно дороги.
Если стоимость действительно является проблемой, я бы пошел с iSCSI, потому что вы не должны видеть заметную разницу в производительности. У Windows уже есть компоненты MPIO, встроенные для подключения IQN для iSCSI, поэтому вам не придется покупать сторонние компоненты, такие как Power Path.
Это звучит как правильный вопрос для http://serverfault.com/. – mzedeler