как перенести значение попарного расстояния в матрицу расстояний

Question

Я довольно новичок в Matlab, теперь я хочу использовать matlab для выполнения кластерной работы. , если у меня есть 3 колонки значения

id1 id2 distvalue1

id1 id3 distvalue2 ....

id2 id4 distvalue I .....

5000 Идентификаторы в общей сложности, но некоторые пары идентификаторов пропускают значение расстояния в python. Я могу создать циклы, чтобы импортировать это значение расстояния в матричную форму. Как я могу это сделать в Matlab? , а также пусть Matlab знает идентификаторы id1, ... idx, а третий столбец - значение

Спасибо!

Answer 1

На основе комментариев, вы знаете, как получить данные в форму N х 3 матрицы, которая называется X, где X(:,1) является первым индексом, X(:,2) является вторым индексом, и X(:,3) является соответствующим расстоянием.

Предположим, что индексы (id1 ... idx) - это произвольные числовые метки.

Итак, мы можем сделать следующее:

% First, build a list of all the unique indices  
indx = unique([X(:,1); X(:,2)]); 
Nindx = length(indx); 

% Second, initialize an empty connection matrix, C 
C = zeros(Nindx, Nindx); %or you could use NaN(Nindx, Nindx) 

% Third, loop over the rows of X, and map them to points in the matrix C 
for n = 1:size(X,1) 
    row = find(X(n,1) == indx); 
    col = find(X(n,2) == indx); 
    C(row,col) = X(n,3); 
end 

Это не самый эффективный метод (который был бы переназначить индексы X в диапазон [1 ... NINDX] в векторизованных образом), но это должно быть хорошо для 5000 идентификаторов.

Если вы в конечном итоге имеете дело с очень большим количеством уникальных индексов, для которых только очень немногие из пар индексов назначили значения расстояния, тогда вы можете посмотреть на использование разреженных матриц - попробуйте help sparse - вместо предварительно выделяя большую нулевую матрицу.