У меня также была та же проблема. Я проверил функцию drawPointHighlight, как Ryley упоминалось и обнаружил, что Flot вычисляет радиус, используя следующую формулу:
var pointRadius = series.points.radius + series.points.lineWidth/2;
Чтобы иметь возможность контролировать радиус без необходимости редактировать сам плагин, вы можете задать радиус в опции как таковой (я удалил другие варианты для ясности):
var plot = $.plot($("#placeholder"),[d], {
series: {
points: { radius: 1 }
}
});
Это означает, однако, что вы будете контролировать размер самой точки. Надеюсь, это помогло.
http://jsfiddle.net/neQUt/