Если предположить, что клиенты и платежи связаны каким-либо образом, нет никаких причин, вы не удалось записать информацию о платежах в ваш cusomters_controller.
$this->Customer->Payment->create()...
Нет правила, согласно которому вы должны использовать один контроллер для каждой модели. Фактически, это не будет работать в подавляющем большинстве реальных приложений, подобных тем, которые вы сейчас испытываете.
Я обычно разделяю контроллеры по группам логической функциональности, а не пытаюсь связать их с моделями. В вашем случае я бы построил account_controller (даже если у меня нет таблицы учетных записей) и поместил логин, регистрацию, выход из системы, редактирование профиля и т. Д. В этом контроллере.
Я нахожу, что такая организация упрощает обслуживание приложения, а также делает более логичным путь для конечных пользователей.