Обновление R с использованием варки на OS X

У меня была эта проблема раньше, и я не могу найти лучший способ ее исправить.Обновление R с использованием варки на OS X

Я модернизирую r от v3.1.2_1 до v3.1.3 до использования brew upgrade r. Но когда я это делаю, я теряю все библиотеки, которые я установил под v3.1.2_1. Я должен установить все библиотеки с нуля.

Проблема заключается в том, что варево создает две независимые структуры каталогов для двух разных версий R под /usr/local/Cellar/r. Есть ли способ установить R, сообщив ему использовать существующие библиотеки, которые были установлены?

Я мог бы просто скопировать файлы из одной версии в другую, но я боюсь что-то сломать.

источник

2015-04-06 vyom

Вы даже поменяли каталог своего пакета? Я считаю, что каталог пакетов по умолчанию - «/Users/username/Library/R/3.1/library» для 3.1.x. Поскольку обновление было небольшим обновлением, он не должен изменять каталог пользователя. Если каталог пакета пользователя не существует, попробуйте его создать. И проверьте R: '.libPaths()'. –

Я не менял каталог пакета. Выполнение '.libpaths()' дает: '/ /usr/local/Cellar/r/3.1.2_1/R.framework/Versions/3.1/Resources/library" ' – vyom

Возможный дубликат [Каждый раз, когда я обновляю R с помощью homebrew Мне нужно чтобы установить большинство пакетов снова] (https://stackoverflow.com/questions/27866834/everytime-i-upgrade-r-using-homebrew-i-need-to-install-most-packages-again) – slhck

Вы можете сказать, R, где хранить библиотеки:

R_LIBS=~/Rlibs

Новая версия R будет искать библиотеки в этой папке. Но вам все равно придется обновлять библиотеки:

update.packages()

Подробности изложены в this post. Как побочный вопрос, посмотрите на point 2.8 в FAQ R, этот для Windows, но точка довольно общая. Возможно, вы захотите сохранить старые установки так, как они есть, или установить новые библиотеки.

источник

2015-04-06 08:36:19 Konrad

Спасибо. Помогла ссылка на FAQ R. Я скопировал свои старые пакеты на новую установку, следуя инструкциям. Я ценю смысл использования пользовательского пути библиотеки в R_LIBS, но если я не ошибаюсь, это поможет только с пакетами, которые установлены с этой точки. Я спрашиваю о пакетах, которые я уже установил (их очень много), которые я хочу использовать с новой версией R. – vyom

@vyom В принципе, самый безопасный способ сделать это - установить пакеты заново в указанный каталог а затем выполните обновления. Если вы настаиваете на перемещении пакетов, посмотрите [это обсуждение] (http://superuser.com/questions/474511/move-installed-r-library-to-other-directory), вы можете попытаться переместить свой пакеты из одного каталога в другой, но я бы не рекомендовал этого. Чтобы сэкономить время [вы могли устанавливать пакеты через некоторый аккуратный цикл] (http://stackoverflow.com/questions/8175912/load-multiple-packages-at-once). – Konrad

Обновление R с использованием варки на OS X

ответ

Смежные вопросы