R: Сортировка матрицы на основе количества значений строк

Question

У меня есть матрица с не числовыми значениями (отсутствующие значения пусты, а не Nan).

mat = read.table(textConnection(
" s1 s2 s3 
g1 a;b a b 
g2  b 
g3 a  a;b"), row.names = 1, header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE) 
mat = as.matrix(mat) 

Что я хочу сделать, так это подмножество матрицы для выбора строк с двумя наивысшими значениями в строке.

Таким образом, результат должен быть

g1 a;b a b # with three values 
g3 a  a;b # with two values 
# g2 should be excluded because it only has one value 

Мой подход был бы

• рода матрица по количеству значений
• подмножество сортируется матрица

Но я не понимаю, как для сортировки матрицы по количеству записей.

Любые идеи?

Answer 1

Вы можете попробовать что-то с помощью строки apply и проверить, сколько элементов в строке является пустой строкой, а затем сортировать по счету. Таким образом, сортируется матрица будет, как:

mat[order(apply(mat, 1, function(row) sum(row != "")), decreasing = T), ] 
    s1 s2 s3 
g1 "a;b" "a" "b" 
g3 "a" "" "a;b" 
g2 "" "" "b" 

Скажем, если порог 2, вы можете также указать его в функции непосредственно без сортировки:

mat[apply(mat, 1, function(row) sum(row != "") >= 2), ] 
    s1 s2 s3 
g1 "a;b" "a" "b" 
g3 "a" "" "a;b" 

Другой способ, как предложено @alexis_laz использует rowSums:

mat[rowSums(mat != "") >= 2, ] 
    s1 s2 s3 
g1 "a;b" "a" "b" 
g3 "a" "" "a;b"